AutoDock Vina

AutoDock Vina

Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia (multithreadingu) obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).

[ilustracje]

Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.

Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT). -przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania) -przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)

Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina.

-AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina

Interpretacja wyników w PyMOL.

Po szczegóły odsyłam na stronę projektu oraz do publikacji: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"

W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.