Orca
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca
Orca | |
---|---|
Serwer | Wersja |
Supernova | 3.0.1 2.9.1 |
Kontakt | |
kdm@wcss.pl |
Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.
Licencja
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej (zobacz treść licencji). Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.
Informacje o wykorzystaniu
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy (p. 4 licencji):
"Neese, F. ORCA – an ab initio, Density Functional and Semiempirical program package, Version 2.5. University of Bonn, 2006."
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
Uruchamianie zadań
Zadanie wstawia się do kolejki poleceniem:
> sub-orca plik_wejsciowy [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]
Gdzie:
- Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne
- Domyślne wartości:
- kolejka = normal
- NCPUS = 1
- pamiec_w_MB = 1800 - pamięć na całe zadanie
- Polecenie uruchamia najnowszą zainstalowaną wersję pakietu.
Dostępne są też dodatkowe skrypty - do obliczeń sekwencyjnych z uproszczoną składnią dla starszej wersji pakietu:
> sub-orca-seq [kolejka] [pamiec_w_MB] (wersja 2.9.1) > sub-orca-2.9.1 [kolejka] [NCPUS] [pamiec_w_MB]
Środowisko i praca interaktywna
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
> qsub -I -q short6h
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load orca (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load orca/2.9.1 > module load orca/3.0.1
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca
i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
Zadania równoległe
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.
- Dla wersji 2.9.1. są to:
- SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-‐Cluster), CPSCF, MDCI, CIS/TDDFT, MP2 and RI-‐MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
- Dla wersji 3.0.1 są to:
- SCF, SCFGRAD, SCFHESS, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Canonical-, PNO-, DLPNO-Methods), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):
! PAL4 (dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)
lub
%pal nprocs 4 end
Wstawiając zadanie skryptem sub-orca
należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:
> sub-orca plik_wejsciowy normal 4 7200
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną ORCA_ROOT
ustawianą przez moduł:
> module load orca > $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
Dokumentacja
- Dokumentacja użytkownika znajduje się w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf
- Strona domowa programu
- Manual do najnowszej wersji (dostępny także w katalogu instalacji $ORCA_ROOT/orca_manual_3_0_1.pdf)
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|