Molpro

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Plik:molpro.png

Zasoby Leo Nova

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

• pełny zakres metod ab initio
• moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
• obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
• możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
• przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Dostępność

• wersja: 2006.1
• systemy obliczeniowe Leo, Nova

Uruchamianie aplikacji

Do bezpośredniego uruchamiania programu służy polecenie (lokalizacja: /usr/local/bin):

molpro [opcje] plik.inp

Wyniki zapisywane są do pliku plik.out. Można także wyznaczyć bezpośrednio plik wyjściowy podając jego nazwę w opcji -o. Jeżeli nie zostanie podany plik wejściowy, MOLPRO czyta dane ze standardowego wejścia a rezultaty generuje na standardowe wyjście.

Opcje programu mogą być podane (z malejącym priorytetem) bezpośrednio z linii komend, ustawione w zmiennej środowiskowej MOLPRO lub w plikach ./molpro.rc/ i $HOME/.molprorc. Opcje nie ustawiane podczas wywołania programu przyjmują wartości pobrane ze źródła o aktualnie najwyższym priorytecie.

Przykładowe pliki danych i referencyjne wyniki znajdują się na Leo w katalogu /usr/local/lib/molpro-mpp-Linux-ia64-i8-2006.1/testjobs/.




Wstawianie zadań do kolejki

Wstawianie zadań do poszczególnych kolejek systemu PBS odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: /usr/local/bin):

sub-molpro plik.inp [kolejka] [ilosc-procesorow]

Możliwe są obliczenia równoległe (na Nova na maksymalnie 8 procesorach). Domyślna wielkość przydzielonej pamięci to 200MW.

Zalecamy uruchamianie dużych zadań na komputerze Leo przy użyciu co najmniej 4 procesorów i 1600MB (200MW) pamięci per procesor (dyrektywa: memory,200,m). Wersja dostępna na Leo umożliwia wykorzystanie do 4000 funkcji bazy.

Na klastrze Nova najlepiej jest używać 4 lub 8 procesorów węzła obliczeniowego i odpowiednio 7500 lub 15000 MB pamięci.

Dokumentacja

Dokumentacja i przykładowe zadania dostępne są w katalogu /usr/local/doc/molpro/ po zalogowaniu się.

MOLPRO w sieci

• Strona główna MOLPRO
• Dokumentacja on-line do wersji 2006.1

Zobacz też: Oprogramowanie KDM