TURBOMOLE
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Turbommole
| Turbomole | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 6.6 6.5 6.4 6.3 5.10 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
TURBOMOLE - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.
Korzystanie z Turbomole w WCSS
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Supernova.
- Sposób użycia
Należy wejść do katalogu z plikami wejściowymi, wydać polecenie:
sub-turbomole nazwa_programu [kolejka] [liczba rdzeni]
Gdzie:
<nazwa_programu>to jeden paremetr z listy:
aoforce eigerf moloch ricc2_mpi sdg atbandbta escf mpgrad riccprep statpt bsseenergy freeh mpgrad_mpi ridft tm2molden cosmoprep frog mpshift ridft_mpi uff define grad rdgrad rimp2 vibration dscf grad_mpi rdgrad_mpi rimp2prep jobex dscf_mpi intense relax ruecker egrad mdprep ricc2 sammler
- kolejka - to np. normal
- liczba rdzeni - to liczba rdzeni obliczeniowych przydzielonych zadaniu
Po wykonaniu programu w katalogu pojawi się plik z wynikiem działania o nazwie TURBO_<nazwa_programu>.o*
|
Pliki tymczasowe. TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 na /scratch/nazwa_uzytkownika/twoint1. |
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|