Molpro

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molpro

Molpro
Serwer	Wersja
Bem	2012.1.12
Kontakt
kdm@wcss.pl

MOLPRO jest całościowym pakietem do obliczeń w dziedzinie chemii kwantowej, oferującym zaawansowane jak i podstawowe metody ab initio, ze szczególnym uwzględnieniem metod korelacyjnych. Twórcami pakietu są H.J. Werner, P.J. Knowles i wielu innych, którzy przyczynili się do jego rozwoju.

Informacje ogólne

Główne cechy MOLPRO:

• pełny zakres metod ab initio
• moduły direct i local dla obliczeń w trybie Direct SCF oraz Localized Moeller-Plesset
• obliczenia przeprowadzane z utrzymaniem maksymalnej możliwej precyzji
• możliwość generowania danych wsadowych dla Gaussiana, Moldena, formaty XYZ, i inne
• przyjazna i bardzo elastyczna składnia danych wejściowych (proste słownictwo, wyrażenia, zmienne, pętle, warunki, procedury, itp.)

Pakiet napisany jest głównie w języku Fortran90. Licencjonowaniem MOLPRO zajmuje się University College Cardiff Consultants Limited.

MOLPRO w WCSS

Zalecenia ogólne

Testowe uruchomienia programu powinny być wykonywane jako zadanie interaktywne:

 qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Molpro_WERSJA

Następnie program można uruchomić po wgraniu odpowiedniego modułu:

module load molpro (dla wersji domyślnej)

Program można wywoływać poleceniem:

molpro [opcje] plik.inp

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:

 > sub-molpro
Usage: /usr/local/bin/sub-molpro input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-molpro test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Należy pamiętać o podaniu w pliku danych odpowiedniej karty memory. Wartość podawana w tej karcie musi być nieco mniejsza niż wartość pamięci podana jako argument dla skryptu sub-molpro, tak aby system kolejkowy miał pewien bufor operacyjny.

Ważne:

• karta memory specyfikuje pamięć per każdy proces MOLPRO !
• jeden MEGA WORD = 8 MEGA BAJTÓW !
• interesująca dyskusja na temat pamięci w MOLPRO: http://www.molpro.net/pipermail/molpro-user/2010-April/003723.html

Molpro 2010.1

• system obliczeniowy: Supernova

Zostały zainstalowane dwie wersje: mpp oraz mppx.

Molpro2010.1 w wersji mppx uruchamia n-samodzielnych (niezależnych) zadań, gdzie n = liczba zadeklarowanych procesorów. Wersja "mppx" jest znacznie szybsza od wersji "mpp" w zadaniach liczących gradienty i hessiany.

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:

sub-molpro_mppx plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] 

Molpro2010.1 w wersji mpp uruchamia N procesów, które liczą jedno zadanie, gdzie N = liczba zadeklarowanych procesorów. Zaimplementowane są w niej wszystkie metody dostępne w Molpro2010.1.

Zadania do kolejki wstawia się wywołując:

sub-molpro-2010.1 plik.inp [liczba-wezlow] [liczba-cpu-per-wezel] [wielkosc-pamieci-w-MB-per-węzeł] [kolejka] 

Domyślnie zadanie zostanie wstawione do kolejki normal z przydziałem 1 węzła, 4 CPU per węzeł i 1800MB pamięci dla każdego CPU.

Molpro 2012.1

• system obliczeniowy: Supernova

Począwszy od wersji 2012 metody zrównoleglenia MPP i MPPX są zintegrowane w tej samej instalacji a algorytm jest wybierany automatycznie podczas uruchomienia.

Zadania obliczeniowe wstawia się do kolejki wywołując:

sub-molpro-2012.1.5  plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
   plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log

Można korzystać także z polecenia sub-molpro, które wskazuje na najnowszą zainstalowaną wersję domyślną programu.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

• Strona główna MOLPRO
• CCMST Wiki

Zobacz też: Oprogramowanie KDM