Orca
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Orca
Orca | |
---|---|
Serwer | Wersja |
Bem | 4.0.1 4.0.0 3.0.3 |
Kontakt | |
kdm@wcss.pl |
Orca - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ab initio, DFT i półempiryczne SCF-MO.
Licencja
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.
Aby móc korzystać z programu Orca 4.1.1 lub 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.cec.mpg.de/), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz treść licencji) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.
Informacje o wykorzystaniu
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:
"Neese, F.“The ORCA program system” Wiley interdisciplinary Reviews - Computational Molecular Science, 2012, Vol 2., Issue 1, Pages 73–78"
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
>sub-orca Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504)
Na przykład
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Uwaga
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
Środowisko i praca interaktywna
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
> qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load orca (dla wersji domyślnej) > module load orca/3.0.3
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia orca
i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Zadania równoległe
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI.
- Dla wersji 3.0.3 są to:
- SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):
! PAL4 (dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)
lub
%pal nprocs 4 end
Wstawiając zadanie skryptem sub-orca
należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną ORCA_ROOT
ustawianą przez moduł:
> module load orca > $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &
Dokumentacja
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|