TURBOMOLE
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Turbomole
| Turbomole | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Bem | 7.3 7.1.1 7.0 6.6 5.10 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
TURBOMOLE - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.
Korzystanie z Turbomole w WCSS
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/turbomole/.
- Sposób użycia
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-turbomole Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504) -i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)
Gdzie:
<program_name>to jeden paremetr z listy:
aoforce egrad grad mdprep proper rimp2 thirdruecker atbandbta eigerf gradruecker moloch radless riper thirdsammel bsseenergy escf gradsammel mpgrad rdgrad rirpa tm2molden ccsdf12 evib haga mpshift relax ruecker uff cosmoprep fdetools hessruecker odft ricc2 sammler vibration define freeh hesssammel pnoccsd ricctools sdg woelfling dscf frog intense promowa ridft statpt write_plv
Na przykład
> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Uwaga
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
|
Pliki tymczasowe. TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR |
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Dokumentacja
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|