DIRAC
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < DIRAC
| DIRAC | |
|---|---|
 DIRAC
| |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 19.0 18.0 17.0 16.0 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
DIRAC - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.
Pełna nazwa to „Program for Atomic and Molecular Direct Iterative Relativistic All-electron Calculations”, w skrócie PAM DIRAC.
Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Licencja
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej.
Aby pobrać źródła i otrzymać licencję dla wersji 17.0/16.0 wymagana była rejestracja na stronie diracprogram.org.
Licencja przyznana dla WCSS:
- No. of users: more than 20
- Licence type: Site
- Program use: Academic
Dla wersji 18.0, 19.0 nie jest to wymagane.
Korzystanie w WCSS
DIRAC dostępny jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:
- 16.0 (wersja równoległa)
- 17.0 (wersja szeregowa)
- 18.0 (wersja równoległa)
- 19.0 (wersja szeregowa)
Środowisko
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:
> module load dirac/wybrana_wersja
Jak korzystać
Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym:
> pam --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
gdzie:
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp] --mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry --noarch do not create a tgz archive [default: create it]
Lista dostępnych opcji:
> pam-dirac --help
Przykładowy skrypt PBS
#!/bin/bash #PBS -q main #PBS -l walltime=1:00:00 #PBS -l select=4:ncpus=2:mem=2048MB #PBS -l software=DIRAC_18 #PBS -m be #PBS -N HF_HI module load dirac/18.0-gcc7.4.0 export DIRAC_TMPDIR=$TMPDIR cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np 4 pam --inp=HF.inp --mol=HI_sorep.mol >& $PBS_JOBNAME.$PBS_JOBID.txt
Po wykonaniu polecenia qsub ./skrypt.sh wyniki będą w katalogu, z którego zostało wysłane zadanie, w tym konkretnym przypadku pod nazwami:
- HF_HI_sorep.out
- HF_HI_sorep.tgz
- HF_HI...achilles.txt
Zobacz też: jak korzystać z kolejek PBS.
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|