TURBOMOLE

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Turbomole

Turbomole
Serwer	Wersja
Bem	7.5, 7.3, 7.1.1, 7.0 6.6, 6.3 5.10
Kontakt
kdm@wcss.pl

TURBOMOLE - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.

Korzystanie z Turbomole w WCSS

Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze Bem w drzewie /usr/local/turbomole/.

Sposób użycia

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-turbomole
Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)

Gdzie:

• <program_name> to jeden paremetr z listy:

aoforce     egrad     grad         mdprep   proper     rimp2    thirdruecker
atbandbta   eigerf    gradruecker  moloch   radless    riper    thirdsammel
bsseenergy  escf      gradsammel   mpgrad   rdgrad     rirpa    tm2molden
ccsdf12     evib      haga         mpshift  relax      ruecker  uff
cosmoprep   fdetools  hessruecker  odft     ricc2      sammler  vibration
define      freeh     hesssammel   pnoccsd  ricctools  sdg      woelfling
dscf        frog      intense      promowa  ridft      statpt   write_plv  

Na przykład

> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Pliki tymczasowe. TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu TURBOMOLE
• Forum użytkowników TURBOMOLE
• TURBOMOLE: Modular program suite for ab initio quantum-chemical and condensed-matter simulations J. Chem. Phys. 152, 184107 (2020)

Zobacz też: Oprogramowanie KDM