Cfour: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
(link)
 
(Nie pokazano 12 wersji utworzonych przez 5 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Cfour</small>
{{zasobytab|logo=[[Grafika:Cfour.gif‎]]
+
{{aplikacja|nazwa=CFOUR|logo=[[Plik:Cfour.gif‎|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''1.0'''|wersja2=2.1}}
|serwery=[[Nova]]}}
 
  
 
'''CFOUR''' (Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry) - pakiet programów do wykonywania obliczeń kwantowo-chemicznych metodami ab initio. Jego głównym atutem jest dokładne obliczenie energii atomowej i molekularnej, jak również właściwości za pomocą wielociałowego rachunku zaburzeń (MBPT), a w szczególności w połączeniu z metodą Coupled Cluster (CC) korelacji elektronowej.
 
'''CFOUR''' (Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry) - pakiet programów do wykonywania obliczeń kwantowo-chemicznych metodami ab initio. Jego głównym atutem jest dokładne obliczenie energii atomowej i molekularnej, jak również właściwości za pomocą wielociałowego rachunku zaburzeń (MBPT), a w szczególności w połączeniu z metodą Coupled Cluster (CC) korelacji elektronowej.
Linia 12: Linia 11:
 
"CFOUR, Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry, a quantum-chemical program package by J.F. Stanton, J. Gauss, M.E. Harding, P.G. Szalay with contributions from A.A. Auer, R.J. Bartlett, U. Benedikt, C. Berger, D.E. Bernholdt, Y.J. Bomble, L. Cheng, O. Christiansen, M. Heckert, O. Heun, C. Huber, T.-C. Jagau, D. Jonsson, J. Jusélius, K. Klein, W.J. Lauderdale, D.A. Matthews, T. Metzroth, D.P. O'Neill, D.R. Price, E. Prochnow, K. Ruud, F. Schiffmann, W. Schwalbach, S. Stopkowicz, A. Tajti, J. Vázquez, F. Wang, J.D. Watts and the integral packages MOLECULE (J. Almlöf and P.R. Taylor), PROPS (P.R. Taylor), ABACUS (T. Helgaker, H.J. Aa. Jensen, P. Jørgensen, and J. Olsen), and ECP routines by A. V. Mitin and C. van Wüllen. For the current version, see http://www.cfour.de."
 
"CFOUR, Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry, a quantum-chemical program package by J.F. Stanton, J. Gauss, M.E. Harding, P.G. Szalay with contributions from A.A. Auer, R.J. Bartlett, U. Benedikt, C. Berger, D.E. Bernholdt, Y.J. Bomble, L. Cheng, O. Christiansen, M. Heckert, O. Heun, C. Huber, T.-C. Jagau, D. Jonsson, J. Jusélius, K. Klein, W.J. Lauderdale, D.A. Matthews, T. Metzroth, D.P. O'Neill, D.R. Price, E. Prochnow, K. Ruud, F. Schiffmann, W. Schwalbach, S. Stopkowicz, A. Tajti, J. Vázquez, F. Wang, J.D. Watts and the integral packages MOLECULE (J. Almlöf and P.R. Taylor), PROPS (P.R. Taylor), ABACUS (T. Helgaker, H.J. Aa. Jensen, P. Jørgensen, and J. Olsen), and ECP routines by A. V. Mitin and C. van Wüllen. For the current version, see http://www.cfour.de."
  
== Korzystanie w WCSS ==
+
Prace powstałe w wyniku wykorzystania zrównoleglonej wersji "CFOUR" muszą cytować artykuł:
Cfour jest zainstalowany na klastrze [[Nova]], w katalogu:
+
"M.E. Harding, T. Metzroth, J. Gauss, and A.A. Auer, J. Chem. Theor.
/usr/local/cfour_v1
+
Comp. 4, 64 (2008)"
  
Aby skorzystać z programu można skorzystać z gotowego skryptu <code>sub-cfour</code> dostępnego w domyślnej lokalizacji <code>/usr/local/bin</code> lub napisać własny skrypt.
+
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
 +
 
 +
; Korzystanie w WCSS
 +
Cfour jest zainstalowany na klastrze [[Bem]], w katalogu:
 +
/usr/local/cfour
 +
 
 +
Aby skorzystać z programu można użyć gotowego skryptu <code>sub-cfour</code> dostępnego w domyślnej lokalizacji <code>/usr/local/bin</code> lub napisać własny skrypt.
  
 
; Uruchamianie - skrypt domyślny
 
; Uruchamianie - skrypt domyślny
W domyślnej lokalizacji <code>/usr/local/bin</code> udostępniony jest skrypt '''<code>sub-cfour</code>''' uruchamiający obliczenia w kolejce [[PBS]].  
+
W domyślnej lokalizacji <code>/usr/local/bin</code> udostępniony jest skrypt '''<code>sub-cfour</code>''' uruchamiający obliczenia w kolejce [[PBS]] (uruchamiana jest wersja domyślna).  
 +
 
 +
Uruchomienie skryptu sub-cfour bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
 +
> sub-cfour
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-cfour input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)                                                             
 +
 
 +
Na przykład
 +
 
 +
> sub-cfour test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
  
Sposób użycia:
+
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
  > sub-cfour plik_zmat [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]
 
  
* Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
 
* Domyślne wartości:
 
** kolejka            = normal
 
** liczba_cpu          = 1
 
** pamiec_per_cpu_w_MB = 1800                                                               
 
  
{{uwaga2|Jeśli w bieżącej lokalizacji nie ma pliku GENBAS lub ECPDATA, to skrypt korzysta z plików domyślnych z katalogu instalacji.}}
+
{{uwaga2|Jeśli w bieżącej lokalizacji nie ma pliku GENBAS lub ECPDATA, to skrypt pobiera je z katalogu instalacji.}}
 
{{uwaga2|Skrypt uruchamia polecenie '''xcfour'''. Pakiet dostarcza szeregu innych narzędzi, aby z nich skorzystać można skopiować powyższy skrypt i wprowadzić potrzebne modyfikacje.}}
 
{{uwaga2|Skrypt uruchamia polecenie '''xcfour'''. Pakiet dostarcza szeregu innych narzędzi, aby z nich skorzystać można skopiować powyższy skrypt i wprowadzić potrzebne modyfikacje.}}
  
Linia 39: Linia 53:
 
  module load cfour
 
  module load cfour
 
  CURDIR=`pwd`
 
  CURDIR=`pwd`
  mkdir $SCRDIR/katalog-zadania
+
  mkdir $TMPDIR/katalog-zadania
  cd $SCRDIR/katalog-zadania
+
  cd $TMPDIR/katalog-zadania
 
  cp $CURDIR/zmatH2O ZMAT
 
  cp $CURDIR/zmatH2O ZMAT
 
  ln -s $GENBAS GENBAS
 
  ln -s $GENBAS GENBAS
 
  xaces2 >& ${CURDIR}/wynik.out
 
  xaces2 >& ${CURDIR}/wynik.out
  cd $SCRDIR
+
  cd $TMPDIR
  rm -rf $SCRDIR/katalog-zadania
+
  rm -rf $TMPDIR/katalog-zadania
  
{{uwaga2|Zmienna '''SCRDIR''' ustawiana jest przez załadowanie modułu poleceniem 'module load cfour' i wskazuje na katalog roboczy użytkownika na węzłach obliczeniowych (obecnie /lustre/scratch/nazwa_użytkownika.)}}
+
{{uwaga2|Zmienna '''TMPDIR''' ustawiana jest przez załadowanie modułu poleceniem 'module load cfour' i wskazuje na katalog roboczy użytkownika na węzłach obliczeniowych (obecnie /lustre/scratch/tmp/identyfikator_zadania.)}}
 
{{uwaga2|Zmienna '''GENBAS''' ustawiana jest przez załadowanie modułu poleceniem 'module load cfour' i wskazuje na lokalizację pliku GENBAS w katalogu instalacji programu (dla wersji v1 jest to /usr/local/cfour_v1/basis/GENBAS. Zmienna ECPDATA wskazuje na analogiczny plik w katalogu instalacji.}}
 
{{uwaga2|Zmienna '''GENBAS''' ustawiana jest przez załadowanie modułu poleceniem 'module load cfour' i wskazuje na lokalizację pliku GENBAS w katalogu instalacji programu (dla wersji v1 jest to /usr/local/cfour_v1/basis/GENBAS. Zmienna ECPDATA wskazuje na analogiczny plik w katalogu instalacji.}}
  
Linia 54: Linia 68:
  
 
*Wstawić skrypt do kolejki PBS:  
 
*Wstawić skrypt do kolejki PBS:  
>  qsub -N aces_woda -q short48h -l select=1:epoch=hp ./woda.sh
+
>  qsub -N aces_woda -l walltime=06:00:00 -l select=1 ./woda.sh
  
 
*Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:
 
*Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:
  > qsub -N aces_woda -q short48h -l select=1:mem=2gb:epoch=hp ./woda.sh
+
  > qsub -N aces_woda -l walltime=06:00:00 -l select=1:mem=2gb ./woda.sh
  
*Obliczenia równoległe:
+
*Obliczenia uruchamiane na dwóch rdzeniach:
  > qsub -N aces_woda -q short48h -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb:epoch=hp ./woda.sh
+
  > qsub -N aces_woda -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./woda.sh
  
 
{{uwaga2|Wyjaśnienia i więcej opcji systemu kolejkowania znajdują się w artykule [[PBS]].}}
 
{{uwaga2|Wyjaśnienia i więcej opcji systemu kolejkowania znajdują się w artykule [[PBS]].}}
Linia 84: Linia 98:
 
==Dokumentacja==
 
==Dokumentacja==
 
* [http://www.cfour.de/ Strona domowa pakietu]
 
* [http://www.cfour.de/ Strona domowa pakietu]
 +
* [http://slater.chemie.uni-mainz.de/cfour/index.php?n=Main.Manual Dokumentacja]
  
 
== Zobacz też ==
 
== Zobacz też ==

Aktualna wersja na dzień 11:58, 29 lip 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Cfour

CFOUR
noframe
Serwer Wersja
Bem 1.0
2.1
Kontakt
kdm@wcss.pl


CFOUR (Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry) - pakiet programów do wykonywania obliczeń kwantowo-chemicznych metodami ab initio. Jego głównym atutem jest dokładne obliczenie energii atomowej i molekularnej, jak również właściwości za pomocą wielociałowego rachunku zaburzeń (MBPT), a w szczególności w połączeniu z metodą Coupled Cluster (CC) korelacji elektronowej.

Licencja

WCSS posiada licencję na pakiet w wersji Mainz-Austin-Budapest Version 1.0 (June 2010).

Użytkownicy korzystający z programu zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści:

"CFOUR, Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry, a quantum-chemical program package by J.F. Stanton, J. Gauss, M.E. Harding, P.G. Szalay with contributions from A.A. Auer, R.J. Bartlett, U. Benedikt, C. Berger, D.E. Bernholdt, Y.J. Bomble, L. Cheng, O. Christiansen, M. Heckert, O. Heun, C. Huber, T.-C. Jagau, D. Jonsson, J. Jusélius, K. Klein, W.J. Lauderdale, D.A. Matthews, T. Metzroth, D.P. O'Neill, D.R. Price, E. Prochnow, K. Ruud, F. Schiffmann, W. Schwalbach, S. Stopkowicz, A. Tajti, J. Vázquez, F. Wang, J.D. Watts and the integral packages MOLECULE (J. Almlöf and P.R. Taylor), PROPS (P.R. Taylor), ABACUS (T. Helgaker, H.J. Aa. Jensen, P. Jørgensen, and J. Olsen), and ECP routines by A. V. Mitin and C. van Wüllen. For the current version, see http://www.cfour.de."

Prace powstałe w wyniku wykorzystania zrównoleglonej wersji "CFOUR" muszą cytować artykuł: "M.E. Harding, T. Metzroth, J. Gauss, and A.A. Auer, J. Chem. Theor. Comp. 4, 64 (2008)"

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

Cfour jest zainstalowany na klastrze Bem, w katalogu:

/usr/local/cfour

Aby skorzystać z programu można użyć gotowego skryptu sub-cfour dostępnego w domyślnej lokalizacji /usr/local/bin lub napisać własny skrypt.

Uruchamianie - skrypt domyślny

W domyślnej lokalizacji /usr/local/bin udostępniony jest skrypt sub-cfour uruchamiający obliczenia w kolejce PBS (uruchamiana jest wersja domyślna).

Uruchomienie skryptu sub-cfour bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-cfour
Usage: /usr/local/bin/sub-cfour input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)                                                               

Na przykład

> sub-cfour test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.



Uruchamianie - własny skrypt
  • Należy stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład:
source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
module load cfour
CURDIR=`pwd`
mkdir $TMPDIR/katalog-zadania
cd $TMPDIR/katalog-zadania
cp $CURDIR/zmatH2O ZMAT
ln -s $GENBAS GENBAS
xaces2 >& ${CURDIR}/wynik.out
cd $TMPDIR
rm -rf $TMPDIR/katalog-zadania
  • Nadać skryptowi prawa wykonywania:
> chmod +x woda.sh
  • Wstawić skrypt do kolejki PBS:

> qsub -N aces_woda -l walltime=06:00:00 -l select=1 ./woda.sh

  • Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:
> qsub -N aces_woda -l walltime=06:00:00 -l select=1:mem=2gb ./woda.sh
  • Obliczenia uruchamiane na dwóch rdzeniach:
> qsub -N aces_woda -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./woda.sh

Do wykonania obliczeń równoległych należy dodać do pliku ZMAT komendy ABCDTYPE=AOBASIS oraz CC_PROG=ECC lub CC_PROG=VCC.

Przykładowy plik ZMAT:

Energia SO metoda CCSD
S
O 1 R

R=1.5*

*CFOUR(CALC=CCSD
BASIS=AUG-PV5Z
REF=UHF,MULT=3
CC_CONV=6
LINEQ_CONV=6
SCF_CONV=6
ABCDTYPE=AOBASIS,CC_PROG=ECC
MEMORY=200000000)

Dokumentacja

Zobacz też