R: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 18 wersji utworzonych przez 6 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small>
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0.0|wersja3=2.14}}
+
{{aplikacja|nazwa=R|logo=[[Plik:Rlogo.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=3.5.3|wersja2=3.2.3|wersja3='''3.1.3'''}}
  
 
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
 
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
  
 
=== R w WCSS ===
 
=== R w WCSS ===
;Wstawianie zadań do kolejki:
+
==== Uruchamianie zadań ====
dla R 3.0.0:
+
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
  
'''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]
+
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)
  
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.
+
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
  
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.
+
  > sub-r
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)
  
==== Zainstalowane pakiety ====
+
Na przykład
Do wersji 3.0.0 zostały doinstalowane następujące pakiety:
 
    polynom 
 
    orthopolynom
 
    evd
 
    ddst
 
    RUnit
 
    iterators
 
    foreach
 
    multicore
 
    doMC
 
    Rmpi
 
    doMPI
 
    randomForest
 
    Boruta
 
    SparseM
 
    quantreg
 
    cobs
 
    snow
 
    kernlab
 
    rtape
 
    coda
 
    R2OpenBUGS
 
    mvtnorm
 
    msm
 
    plyr
 
    reshape
 
    zoo
 
    xts
 
    quadprog
 
    tseries
 
    timeDate
 
    timeSeries
 
    car
 
    stabledist
 
    fBasics
 
    fGarch
 
    lmtest
 
    akima
 
    lattice
 
    locfit
 
    acepack
 
    nlts 3
 
    leaps
 
    TSA
 
    Rcpp
 
    RSNNS
 
    TTR
 
    Defaults
 
    quantmod
 
    FinancialInstrument
 
    Hmisc
 
    rjags 1 4
 
    gumbel
 
    segmented
 
    mixtools
 
    etm
 
    geepack
 
    PerformanceAnalytics
 
    blotter 2
 
    quantstrat 2
 
    gsl
 
    ADGofTest
 
    pspline
 
    copula
 
    scatterplot3d
 
    mnormt
 
    sn
 
    sp
 
    rgdal
 
    RMySQL
 
    igraph
 
    gam
 
    colorspace
 
    vcd
 
    pscl
 
    RcppArmadillo
 
    truncnorm
 
    Rsolnp
 
    nloptr
 
    rgl
 
    misc3d
 
    ks
 
    numDeriv
 
    spd
 
    chron
 
    rugarch
 
    ntervals
 
    spacetime
 
    gstat
 
  
 +
> sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 +
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
 +
 +
'''Uwaga'''
 +
 +
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
 +
 +
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
 +
 +
==== Sprawdzenie zainstalowanych pakietów ====
 +
Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:
 +
<pre>
 +
installed.packages()
 +
</pre>
 +
po uruchomienu R w trybie interaktywnym.
 
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.
 
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.
 +
 +
==== Instalacja pakietów w lokalnym katalogu ====
 +
 +
Należy uruchomić kolejkę interaktywną:
 +
<pre>qsub -I -l walltime=2:00:00</pre>
 +
 +
Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program:
 +
<pre>module load r/3.2.3-intel15.0
 +
R</pre>
 +
 +
Aby zainstalować pakiet ''lattice'' należy użyć polecenia '''install.packages''':
 +
 +
<pre>
 +
> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org")
 +
Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")':
 +
  'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna
 +
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)
 +
</pre>
 +
Zatwierdzić wpisując '''y'''.
 +
<pre>Would you like to create a personal library
 +
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2
 +
to install packages into?  (y/n) y
 +
</pre>
 +
Ponownie zatwierdzić wpisując '''y'''.
 +
Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji
 +
<pre>
 +
* installing *source* package ‘lattice’ ...
 +
** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone
 +
(...)
 +
** testing if installed package can be loaded
 +
* DONE (lattice)
 +
</pre>
 +
 +
Sprawdzenie ścieżek do pakietów
 +
<pre>> .libPaths();
 +
[1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
 +
[2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"
 +
</pre>
 +
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
 
=== R w sieci ===
 
=== R w sieci ===
Linia 111: Linia 87:
 
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]
 
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]
 
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]
 
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]
+
* [https://www.osc.edu/resources/getting_started/howto/howto_install_local_r_packages HOWTO: Install Local R Packages]
  
 
{{Oprogramowanie}}
 
{{Oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 07:29, 30 kwi 2019

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < R

R
noframe
Serwer Wersja
Bem 3.5.3
3.2.3
3.1.3
Kontakt
kdm@wcss.pl


GNU R jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.

R w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

 > sub-r
Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)

Na przykład

> sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Sprawdzenie zainstalowanych pakietów

Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:

installed.packages()

po uruchomienu R w trybie interaktywnym. Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.

Instalacja pakietów w lokalnym katalogu

Należy uruchomić kolejkę interaktywną:

qsub -I -l walltime=2:00:00

Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program:

module load r/3.2.3-intel15.0
R

Aby zainstalować pakiet lattice należy użyć polecenia install.packages:

> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org")
Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")':
  'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)

Zatwierdzić wpisując y.

Would you like to create a personal library
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2
to install packages into?  (y/n) y

Ponownie zatwierdzić wpisując y. Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji

* installing *source* package ‘lattice’ ...
** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone
(...)
** testing if installed package can be loaded
* DONE (lattice)

Sprawdzenie ścieżek do pakietów

> .libPaths();
[1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
[2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

R w sieci