R: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 15 wersji utworzonych przez 5 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small>
{{aplikacja|nazwa=R|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.0.0|wersja3=2.14}}
+
{{aplikacja|nazwa=R|logo=[[Plik:Rlogo.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=3.5.3|wersja2=3.2.3|wersja3='''3.1.3'''}}
  
 
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
 
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
  
 
=== R w WCSS ===
 
=== R w WCSS ===
;Wstawianie zadań do kolejki:
+
==== Uruchamianie zadań ====
dla R 3.0.0:
+
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
  
'''sub-R''' plik.inp [kolejka] [ilosc_pamieci_w_MB]
+
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)
  
Po zakończeniu obliczeń zostanie wysłany mail na adres podany przy rejestracji konta, a w katalogu z plikiem wejściowym pojawią się pliki: <code>nazwa_pliku.oXXXXX</code> i <code>nazwa_pliku.eXXXXX</code>, zawierające kolejno, wynik działania programu (STDOUT) i powstałe błędy (STDERR), XXXXX to jest liczba będąca numerem zadania w kolejce.
+
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
  
Uruchamianie zadań poza kolejką jest zabronione.
+
  > sub-r
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)
  
==== Zainstalowane pakiety ====
+
Na przykład
Do wersji 3.0.0 zostały doinstalowane następujące pakiety:
+
 
{|
+
  > sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
|
+
 
    polynom  
+
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
    orthopolynom
+
 
    evd
+
'''Uwaga'''
    ddst
+
 
    RUnit
+
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
    iterators
+
 
    foreach
+
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
    multicore
+
 
    doMC
+
==== Sprawdzenie zainstalowanych pakietów ====
    Rmpi
+
Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:
    doMPI
+
<pre>
    randomForest
+
installed.packages()
    Boruta
+
</pre>
    SparseM
+
po uruchomienu R w trybie interaktywnym.
    quantreg
 
    cobs
 
    snow
 
    kernlab
 
    rtape
 
    coda
 
    R2OpenBUGS
 
    mvtnorm
 
|
 
    msm
 
    plyr
 
    reshape
 
    zoo
 
    xts
 
    quadprog
 
    tseries
 
    timeDate
 
    timeSeries
 
    car
 
    stabledist
 
    fBasics
 
    fGarch
 
    lmtest
 
    akima
 
    lattice
 
    locfit
 
    acepack
 
    nlts 3
 
    leaps
 
    TSA
 
    Rcpp
 
|
 
    RSNNS
 
    TTR
 
    Defaults
 
    quantmod
 
    FinancialInstrument
 
    Hmisc
 
    rjags 1 4
 
    gumbel
 
    segmented
 
    mixtools
 
    etm
 
    geepack
 
    PerformanceAnalytics
 
    blotter 2
 
    quantstrat 2
 
    gsl
 
    ADGofTest
 
    pspline
 
    copula
 
    scatterplot3d
 
    mnormt
 
    sn
 
|
 
    sp
 
    rgdal
 
    RMySQL
 
    igraph
 
    gam
 
    colorspace
 
    vcd
 
    pscl
 
    RcppArmadillo
 
    truncnorm
 
    Rsolnp
 
    nloptr
 
    rgl
 
    misc3d
 
    ks
 
    numDeriv
 
    spd
 
    chron
 
    rugarch
 
    ntervals
 
    spacetime
 
    gstat
 
|valign=top|
 
    proj4
 
    rgeos
 
    e1071
 
|}
 
 
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.
 
Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.
 +
 +
==== Instalacja pakietów w lokalnym katalogu ====
 +
 +
Należy uruchomić kolejkę interaktywną:
 +
<pre>qsub -I -l walltime=2:00:00</pre>
 +
 +
Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program:
 +
<pre>module load r/3.2.3-intel15.0
 +
R</pre>
 +
 +
Aby zainstalować pakiet ''lattice'' należy użyć polecenia '''install.packages''':
 +
 +
<pre>
 +
> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org")
 +
Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")':
 +
  'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna
 +
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)
 +
</pre>
 +
Zatwierdzić wpisując '''y'''.
 +
<pre>Would you like to create a personal library
 +
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2
 +
to install packages into?  (y/n) y
 +
</pre>
 +
Ponownie zatwierdzić wpisując '''y'''.
 +
Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji
 +
<pre>
 +
* installing *source* package ‘lattice’ ...
 +
** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone
 +
(...)
 +
** testing if installed package can be loaded
 +
* DONE (lattice)
 +
</pre>
 +
 +
Sprawdzenie ścieżek do pakietów
 +
<pre>> .libPaths();
 +
[1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
 +
[2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"
 +
</pre>
 +
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
 
=== R w sieci ===
 
=== R w sieci ===
Linia 120: Linia 87:
 
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]
 
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R]
 
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]
 
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining]
* [https://www.im.uj.edu.pl/gur/ Grupa użytkowników R]
+
* [https://www.osc.edu/resources/getting_started/howto/howto_install_local_r_packages HOWTO: Install Local R Packages]
  
 
{{Oprogramowanie}}
 
{{Oprogramowanie}}
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Oprogramowanie]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]
 
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 07:29, 30 kwi 2019

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < R

R
noframe
Serwer Wersja
Bem 3.5.3
3.2.3
3.1.3
Kontakt
kdm@wcss.pl


GNU R jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.

R w WCSS

Uruchamianie zadań

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

 > sub-r
Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)

Na przykład

> sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Sprawdzenie zainstalowanych pakietów

Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:

installed.packages()

po uruchomienu R w trybie interaktywnym. Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.

Instalacja pakietów w lokalnym katalogu

Należy uruchomić kolejkę interaktywną:

qsub -I -l walltime=2:00:00

Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program:

module load r/3.2.3-intel15.0
R

Aby zainstalować pakiet lattice należy użyć polecenia install.packages:

> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org")
Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")':
  'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)

Zatwierdzić wpisując y.

Would you like to create a personal library
~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2
to install packages into?  (y/n) y

Ponownie zatwierdzić wpisując y. Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji

* installing *source* package ‘lattice’ ...
** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone
(...)
** testing if installed package can be loaded
* DONE (lattice)

Sprawdzenie ścieżek do pakietów

> .libPaths();
[1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
[2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

R w sieci