AutoDock

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < AutoDock

AutoDock
Serwer	Wersja
Bem	4.2.6
Kontakt
kdm@wcss.pl

AutoDock - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej.

Liencja

Pakiet udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

• AutoDock jest aplikacją sekwencyjną.
• Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Środowisko i praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=AutoDock

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load autodock (dla wersji domyślnej)
> module load autodock/4.2.6

Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia autodock4 i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Wstawianie zadań do kolejki

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-autodock-4.2.6

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

>sub-autodock-4.2.6
Usage: /usr/local/bin/sub-autodock-4.2.6 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-autodock-4.2.6 recluster.dpf -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 1 rdzeniu (w obrębie jednego węzła), wymaga 2000 MB pamięci, walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu AutoDock

Zobacz też:

• Oprogramowanie KDM
• System kolejkowy PBS