Supernova

< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe

Nova - klaster zainstalowany w WCSS, włączony w struktury projektu EGEE. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).

Elementy klastra:

• węzeł dostępowy (nova),
• dwa węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE),
• 328 węzłów obliczeniowych (wn001 - wn328),
• sieć obliczeniowa - Infiniband DDR fat-tree full-cbb,
• sieć zarządzania - gigabit ethernet.

Zasoby obliczeniowe klastra:

• 2016 rdzeni obliczeniowych,
• ~4 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń)
• ~100 TB przestrzeni dyskowej (dyski lokalne + Lustre),
• komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20Gbps, opóźnienia < 5 us.

Zestawienie

klaster : moc obliczeniowa : węzły : CPU : liczba CPU : cache : pamięć : dysk /home : dysk /scratch : system operacyjny :

nova.wcss.wroc.pl 19 TFLOPS dostępowy Intel Xeon 3GHz 2x dual-core 4MB 16GB 500GB - ScientificLinux

obliczeniowe (328) Intel Xeon 2.33/2.4/2.5 GHz 1 lub 2x quad-core 4MB 2GB/core - 160GB/node + Lustre ScientificLinux

Oprogramowanie

Aplikacje

Abaqus, ACES2, Autodock, CAMFR, CPMD, FDS-SMV ,GAMESS, Gaussian, LAMMPS, Meep, MOLCAS, Molpro, Matlab, NWChem, R, TURBOMOLE aplikacje własne użytkowników.

Kompilatory

GNU GCC, Intel, PGI

Biblioteki

• MVAPICH1,
• MVAPICH2,
• MKL (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),
• GotoBLAS (/usr/local/lib/),
• ATLAS 3.8.3 (/usr/local/atlas-3.8.3)
• ...

Narzedzia

• MPIEXEC

System kolejkowania

PBS

RSA key fingerprint is d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9

Zalecenia

• na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 8GB, limit twardy 10GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:

repquota -a

opis systemu kwot:

man quota

• zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka MKL; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;

• oprogramowanie zrównoleglone w standardze MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci Infiniband; domyślna implementacja MPI to MVAPICH1;

• zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie Infiniband bądą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;

• zadania MPI należy uruchamiac poprzez narzędzie MPIEXEC a nie mpirun;

• oprogramowanie zrównoleglone w innym standardze niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkownikow takich aplikacji;

• zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - Lustre

Zobacz też

• Jak korzystać z kolejek?
• Maszyny obliczeniowe
• Przekierowanie wyświetlania
• Programy badawcze
• Galeria zdjęć (Nova)
• Galeria zdjęć z uruchomienia

Maszyny obliczeniowe	Bem ⋅ Klaster kampusowy