CPMD: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
(-leo)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
−
{{aplikacja|nazwa=CPMD|logo= |serwer=[[Leo]]|wersja=3.11.1|wersja2=3.13.1|wersja3=3.13.2|serwer2=[[Supernova]]|wersja21=3.13.2}}
+
{{aplikacja|nazwa=CPMD|logo= |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.13.2}}
 
'''CPMD''' (ang. ''Car-Parrinello Molecular Dynamics'') - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.
 
'''CPMD''' (ang. ''Car-Parrinello Molecular Dynamics'') - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.
  
Linia 17: Linia 17:
  
 
== CPMD w WCSS ==
 
== CPMD w WCSS ==
−
CPMD dostępny jest na [[Leo]] i [[Supernova|Supernovej]] w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zainstalowany został pakiet w wersjach 3.11, 3.13.1 i 3.13.2.
+
CPMD dostępny jest na [[Supernova|Supernovej]] w wersji sekwencyjnej i równoległej (3.13.2).
  
 
;Zalecenia ogólne
 
;Zalecenia ogólne
Linia 26: Linia 26:
 
  export PP_LIBRARY_PATH=/moj/katalog_z_PP/
 
  export PP_LIBRARY_PATH=/moj/katalog_z_PP/
 
* Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.
 
* Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.
−
 
−
=== Leo ===
 
−
wersja: 3.11.1, 3.13.1, 3.13.2
 
−
 
−
Na [[Leo]] CPMD działa sekwencyjnie i równolegle.
 
−
 
−
;Wstawianie zadań do kolejki
 
−
Wstawianie zadań CPMD do poszczególnych kolejek systemu PBS odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: /usr/local/bin) <code>sub-cpmd</code>. Zadania typu Path Integrals prosimy wstawiać do kolejki skryptem <code>sub-cpmd-PI</code>.
 
  
 
=== Nova ===
 
=== Nova ===
Linia 60: Linia 52:
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
−
Dokumentacja CPMD dostępna jest na każdym z serwerów w katalogu instalacji, np. na Leo: /usr/local/CPMD/manual/manual.pdf.
+
Dokumentacja CPMD dostępna jest na każdym z serwerów w katalogu instalacji.
  
 
=== CPMD w sieci ===
 
=== CPMD w sieci ===

Wersja z 13:06, 24 wrz 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

CPMD
Serwer Wersja
Supernova 3.13.2
Kontakt
kdm@wcss.pl

CPMD (ang. Car-Parrinello Molecular Dynamics) - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.

Informacje ogólne

CPMD dostępny jest na wiele architektur i jest dobrze zrównoleglony (przy użyciu MPI i Mixed MPI/SMP). Główne własności pakietu:

  • Praca z pseudopotencjałami norm-conserving oraz ultrasoft,
  • przybliżenia LDA, LSD i GGA, energia swobodna,
  • układy periodyczne i aperiodyczne, k-points,
  • symetria punktowa i przestrzenna,
  • optymalizacja funkcji falowej (bezpośrednia, diagonalizacja, ...),
  • dynamika molekularna zespołów mikrokanonicznego (NVE), kanonicznego (NVT) oraz izotermiczno-izobarycznego (NPT),
  • dynamika molekularna typu path intagral,
  • response functions.
  • stany wzbudzone.
  • własności elektronowe.

CPMD w WCSS

CPMD dostępny jest na Supernovej w wersji sekwencyjnej i równoległej (3.13.2).

Zalecenia ogólne
  • Prosimy o nie tworzenie dużych plików trajektorii ani restartów w katalogach domowych /home. Powoduje to blokowanie serwerów NFS a tym samym całych klastrów i wszystkich pozostałych zadań obliczeniowych. Duże pliki prosimy generować wyłącznie na dyskach /scratch.
  • Prosimy o nie używanie polecenia qdel do kończenia zadania (CPMD niepoprawnie obsługuje sygnały). Zamiast tego, w katalogu zadania należy utworzyć pusty plik o nazwie EXIT i poczekać na automatyczne zakończenie się zadania:
touch EXIT
  • Wszystkie potencjały, także niestandardowe - dostępne na stronach domowych CPMD, zostały zainstalowane w katalogach /usr/local/CPMD-xxx/PPLIBNEW/. Jeśli zachodzi potrzeba użycia własnych potencjałów, to przed wykonaniem skryptu sub-cpmd (opisane poniżej), należy ustawić zmienną środowiskową:
export PP_LIBRARY_PATH=/moj/katalog_z_PP/
  • Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.

Nova

wersja: 3.13.2

Na klastrze Supernova dostępna jest wersja równoległa (kompilacja z MKL, MVAPICH).

Wstawianie zadań do kolejki

Wstawianie zadań CPMD do poszczególnych kolejek systemu PBS odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: /usr/local/bin): 

sub-cpmd plik_wejsciowy.inp [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]

gdzie:

  • plik_wejsciowy.inp - plik z danymi programu
  • pamiec_per_cpu_w_MB - pamięć operacyjna per 1 cpu podana w MB (domyślnie 1800 MB).
  • kolejka - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)
  • liczba_cpu - liczba procesorów na których ma liczyć się zadanie (domyślnie 4).

Skrypt uruchamia najnowszą wersję programu. Wyniki obliczeń będą wygenerowane do pliku z rozszerzeniem .out.

Uwagi

Zadania wstawiane poleceniem sub-cpmd standardowo startują z dysku /lustre/scratch/, który jest współdzielony przez wszystkie węzły, w tym dostępowy.

Plik wyników tworzony jest na dysku /home/. Tworzenie plików RESTART itp. na dysku /home/ jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.

Dokumentacja

Dokumentacja CPMD dostępna jest na każdym z serwerów w katalogu instalacji.

CPMD w sieci

Bibliografia

  • Jorge Kohanoff: Electronic Structure Calculations for Solids and Molecules: Theory and Computational Methods. Cambridge University Press (May 31, 2006), s. 384. ISBN: 0521815916. (w języku angielskim)

Zobacz też:

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CPMD&oldid=3454”