AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 19 wersji utworzonych przez 4 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
===AutoDock Vina===
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
  
−
Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand.
+
'''AutoDock Vina''' - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (''scoring function'') oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
−
Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (''scoring function'') oraz wprowadzenie  
 
−
możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości
 
−
uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
 
  
−
[ilustracje]
 
  
 
{|
 
{|
−
| [[File:Speed_autodock_vs_vina.png|thumb| upright=2|Średni czas w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).<ref name="A">Oleg i spólka</ref>]]
+
| [[File:Speed_autodock_vs_vina.png|thumb| upright=2|Średni czas obliczeń w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).]]
 
| [[File:Rmsd_autodock_vina.png|thumb|upright=1.81|Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.]]
 
| [[File:Rmsd_autodock_vina.png|thumb|upright=1.81|Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.]]
 
|}
 
|}
  
  
−
'''Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.'''
+
=== Przepływ danych ===
 +
Na każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.  
  
−
Przygotowanie pliku wsadowego w '''MGLTools''' (*.PDBQT).
+
*Przygotowanie pliku wsadowego w '''MGLTools''' (*.PDBQT).
−
*przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
+
**przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
−
*przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)
+
**przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacyjnych)
  
−
Przeprowadzenie obliczeń w '''AutoDock Vina'''.
+
*Przeprowadzenie obliczeń w '''AutoDock Vina''' w WCSS.
 +
**AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem <code>sub-autodock_vina</code>
  
−
*AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina
+
*Interpretacja wyników w '''PyMOL''', '''ADT''' lub innej aplikacji do tego przeznaczonej.
  
−
Interpretacja wyników w '''PyMOL'''.
+
===Korzystanie w WCSS===
 +
Uruchamiamy skryptem "sub-autodock_vina" - ograniczenie na jeden węzeł (12 CPU). Skrypt domyślnie rezerwuje 1800mb per jeden rdzeń.
 +
sub-autodock_vina
 +
Sposob uzycia: [plik_konfiguracyjny] [liczba_rdzeni] [kolejka]
  
−
+
===Przyklad pliku konfiguracyjnego===
  
−
Szczegóły na stronie projektu http://vina.scripps.edu/ oraz w :
+
receptor = bialko.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą receptora (może byc ścieżka)
−
"O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function,
+
ligand = ligand.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą liganda (może byc ścieżka)
−
efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
+
center_x = 11 # współrzędna x-owa środka przestrzeni dopasowania
 +
center_y = 90.5 # współrzędna y-owa środka przestrzeni dopasowania
 +
center_z = 57.5 # współrzędna z-owa środka przestrzeni dopasowania
 +
size_x = 22 # składowa x-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
 +
size_y = 24 # składowa y-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
 +
size_z = 28 # składowa z-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
 +
exhaustiveness = 16 # ilość iteracji
  
−
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.
+
=== Licencja ===
 +
Program udostępniony jest na licencji Apache, z kilkoma zastrzeżeniami co do użytku komercyjnego, niekomercyjnego i prac wywiedzionych ([http://vina.scripps.edu/LICENSE tekst licencji])
  
−
Cytowania
+
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
−
{{Reflist}}
+
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
 +
=== Linki zewnętrzne ===
 +
* [http://vina.scripps.edu Strona domowa programu Autodock Vina]
 +
 
 +
{{oprogramowanie}}
 +
 
 +
[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
 +
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]

Aktualna wersja na dzień 13:15, 1 mar 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

AutoDock Vina - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (scoring function) oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).


Średni czas obliczeń w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).
Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.


Przepływ danych

Na każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.

  • Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
    • przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
    • przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacyjnych)
  • Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina w WCSS.
    • AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem sub-autodock_vina
  • Interpretacja wyników w PyMOL, ADT lub innej aplikacji do tego przeznaczonej.

Korzystanie w WCSS

Uruchamiamy skryptem "sub-autodock_vina" - ograniczenie na jeden węzeł (12 CPU). Skrypt domyślnie rezerwuje 1800mb per jeden rdzeń. 

sub-autodock_vina 
Sposob uzycia: [plik_konfiguracyjny] [liczba_rdzeni] [kolejka]

Przyklad pliku konfiguracyjnego

receptor = bialko.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą receptora (może byc ścieżka)
ligand = ligand.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą liganda (może byc ścieżka)
center_x = 11 # współrzędna x-owa środka przestrzeni dopasowania 
center_y = 90.5 # współrzędna y-owa środka przestrzeni dopasowania
center_z = 57.5 # współrzędna z-owa środka przestrzeni dopasowania
size_x = 22 # składowa x-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
size_y = 24 # składowa y-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
size_z = 28 # składowa z-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
exhaustiveness = 16 # ilość iteracji

Licencja

Program udostępniony jest na licencji Apache, z kilkoma zastrzeżeniami co do użytku komercyjnego, niekomercyjnego i prac wywiedzionych (tekst licencji)

W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Linki zewnętrzne

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=AutoDock_Vina&oldid=5473”