AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 13:15, 1 mar 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

AutoDock Vina - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (scoring function) oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).

Średni czas obliczeń w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).

Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.

Przepływ danych

Na każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.

Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
- przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
- przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacyjnych)

Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina w WCSS.
- AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem sub-autodock_vina

Interpretacja wyników w PyMOL, ADT lub innej aplikacji do tego przeznaczonej.

Korzystanie w WCSS

Uruchamiamy skryptem "sub-autodock_vina" - ograniczenie na jeden węzeł (12 CPU). Skrypt domyślnie rezerwuje 1800mb per jeden rdzeń.

sub-autodock_vina 
Sposob uzycia: [plik_konfiguracyjny] [liczba_rdzeni] [kolejka]

Przyklad pliku konfiguracyjnego

receptor = bialko.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą receptora (może byc ścieżka)
ligand = ligand.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą liganda (może byc ścieżka)
center_x = 11 # współrzędna x-owa środka przestrzeni dopasowania 
center_y = 90.5 # współrzędna y-owa środka przestrzeni dopasowania
center_z = 57.5 # współrzędna z-owa środka przestrzeni dopasowania
size_x = 22 # składowa x-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
size_y = 24 # składowa y-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
size_z = 28 # składowa z-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
exhaustiveness = 16 # ilość iteracji

Licencja

Program udostępniony jest na licencji Apache, z kilkoma zastrzeżeniami co do użytku komercyjnego, niekomercyjnego i prac wywiedzionych (tekst licencji)

W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Linki zewnętrzne

Strona domowa programu Autodock Vina

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
-AutoDock Vina
+<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
-Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand.
+'''AutoDock Vina''' - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (''scoring function'') oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
-Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania oraz wprowadzenie
-możliwości zrównoleglenia (multithreadingu) obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości
-uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
-[ilustracje]
-Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.
+{|
+| [[File:Speed_autodock_vs_vina.png|thumb| upright=2|Średni czas obliczeń w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).]]
+| [[File:Rmsd_autodock_vina.png|thumb|upright=1.81|Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.]]
+|}
-Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
--przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
--przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)
-Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina.
+=== Przepływ danych ===
+Na każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.
--AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina
+*Przygotowanie pliku wsadowego w '''MGLTools''' (*.PDBQT).
+**przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
+**przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacyjnych)
-Interpretacja wyników w PyMOL.
+*Przeprowadzenie obliczeń w '''AutoDock Vina''' w WCSS.
+**AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem <code>sub-autodock_vina</code>
+*Interpretacja wyników w '''PyMOL''', '''ADT''' lub innej aplikacji do tego przeznaczonej.
-Po szczegóły odsyłam na stronę projektu oraz do publikacji:
+===Korzystanie w WCSS===
-"O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function,
+Uruchamiamy skryptem "sub-autodock_vina" - ograniczenie na jeden węzeł (12 CPU). Skrypt domyślnie rezerwuje 1800mb per jeden rdzeń.
-efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
+ sub-autodock_vina
+ Sposob uzycia: [plik_konfiguracyjny] [liczba_rdzeni] [kolejka]
-W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.
+===Przyklad pliku konfiguracyjnego===
+ receptor = bialko.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą receptora (może byc ścieżka)
+ ligand = ligand.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą liganda (może byc ścieżka)
+ center_x = 11 # współrzędna x-owa środka przestrzeni dopasowania
+ center_y = 90.5 # współrzędna y-owa środka przestrzeni dopasowania
+ center_z = 57.5 # współrzędna z-owa środka przestrzeni dopasowania
+ size_x = 22 # składowa x-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
+ size_y = 24 # składowa y-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
+ size_z = 28 # składowa z-owa długości przestrzeni dopasowania w Å
+ exhaustiveness = 16 # ilość iteracji
+=== Licencja ===
+Program udostępniony jest na licencji Apache, z kilkoma zastrzeżeniami co do użytku komercyjnego, niekomercyjnego i prac wywiedzionych ([http://vina.scripps.edu/LICENSE tekst licencji])
+W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
+=== Informacje o wykorzystaniu ===
+{{Podziękowanie_WCSS}}
+=== Linki zewnętrzne ===
+* [http://vina.scripps.edu Strona domowa programu Autodock Vina]
+{{oprogramowanie}}
+[[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]]
+[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]