Materials Studio: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 12:23, 15 paź 2021

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Materials Studio

!	Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz korzystanie z VPN). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Materials Studio

Serwer	Wersja
Bem (+ Gateway)	8.0
Klaster kampusowy	8.0
Do pobrania	7.0 SP1, SP2
Kontakt
kdm@wcss.pl

Materials Studio - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy Biovia (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

Licencja

Obecnie WCSS nie udostępnia licencji użytkownikom. Dopuszczalne jest zakupienie licencji przez użytkownika i udostępnianie jej na serwerze licencji WCSS (tylko uprawnionym osobom).

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z serwera FTP.

Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Klient Materials Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:

skonfigurować w kliencie serwer licencji krajowej,
skonfigurować w systemie połączenie VPN, żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Obliczenia zdalne przez Gateway

WCSS udostępnia bramę Materials Studio na klastrze Bem. Dzięki temu można z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na węzłach obliczeniowych. Wymagana jest do tego odpowiednia konfiguracja: z menu w kliencie Materials Studio należy wybrać Tools, następnie Server console. W oknie Server console należy dodać nowy Gateway o parametrach:

adres: bem.wcss.pl
port: 18888
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Do korzystania z Gatewaya konieczne jest uzyskanie poświadczeń (nazwy użytkownika i hasła) - w tym celu należy skontaktować się z administratorami prosząc o założenie konta w Gatewayu.

Status zadań

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę [[1]].

Zmiana hasła w Gateway'u

Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:

wejść na stronę WWW: https://bem.wcss.pl:18888
kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
podać w formularzu stare i nowe hasło.

Obliczenia wsadowe

Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

Gotowe skrypty

W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS: Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-castep-8.0
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "additional parameters ..."

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Polecenia dostępne na klastrze Bem

AmorphousCell /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh
CASTEP        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
DFTB+         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
DFTBpara      /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
Dmol3         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
GULP          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh 
Kinetix       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh 
MesoDyn       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh 
ONETEP        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh 
QMERA         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh 
VAMP          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh

Przykład

Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):

> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input

gdzie:

filename.input to plik z danymi do obliczeń,
-q main to nazwa kolejki (należy podawać main)

Zobacz też: CASTEP

Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster Bem przez gateway bem.wcss.pl.

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja

Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
Strona pakietu w serwisie Biovia

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
-<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]]</small>
+<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio</small>
-{{aplikacja|nazwa=Materials Studio|serwer=[[Nova]]|wersja=5.5 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=4.4 }}
+{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
-'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys]]. Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze serwera MS.
+{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Bem]] (+ Gateway)|wersja=8.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
+'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).
 == Licencja ==
-WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2010/2011 r. dostępne są moduły:
+Obecnie WCSS nie udostępnia licencji użytkownikom. Dopuszczalne jest zakupienie licencji przez użytkownika i udostępnianie jej na serwerze licencji WCSS (tylko uprawnionym osobom).
-{|
+=== Informacja o wykorzystaniu ===
-|-valign="top"
+Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).
-|
-* MS Adsorption Locator
+{{Podziękowanie_WCSS}}
-* MS Amorphous Cell
-* MS Blends
-* MS CASTEP Interface
-* MS CASTEP Parallel
-* MS COMPASS Parallel
-* MS Conformers
-* MS Discover Parallel
-* MS DMol3 Interface
-* MS DMol3-Solid State Parallel
-* MS Equilibria
-* MS Forcite Plus
-|
-* MS Gaussian Interface
-* MS GULP Interface
-* MS GULP Parallel
-* MS Mesocite
-* MS MesoDyn
-* MS MesoDyn Interface
-* MS Motif
-* MS Morphology
-* MS NMR CASTEP Parallel
-* MS ONETEP
-* MS ONETEP Interface
-* MS Polymorph Predictor
-|
-* MS Polymorph Predictor Interface
-* MS QMERA
-* MS QMERA Interface
-* MS QSAR Plus
-* MS Reflex Plus
-* MS Reflex QPA
-* MS Sorption
-* MS Synthia
-* MS VAMP
-* MS VAMP Interface
-* MS Visualizer
-* MS X-Cell
-|}
 == Uruchamianie aplikacji ==
 Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.
-Aby uzyskać dostęp do oprogramowania i do licencji należy przesłać adres IP swojego komputera i aktualne dane kontaktowe pod adres Jerzy.Pankiewicz @ pwr.wroc.pl. Dla laptopa można podać dwa adresy IP - w pracy i w domu.
+Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.
-Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.
+Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]].
-=== Klient i obliczenia lokalne ===
+Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.
-Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.
-Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.
+Klient Materials Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.
-Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.
+Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
+* skonfigurować w kliencie [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji|serwer licencji krajowej]],
+* skonfigurować w systemie [[Korzystanie z VPN|połączenie VPN]], żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.
-=== Obliczenia zdalne ===
+=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
-WCSS udostępnia serwery MS na [[Leo]] i klastrze [[Nova]]. Na obydwu maszynach działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na serwerach. Aby móc to robić należy pobrać oprogramowanie, zainstalować klienta na swoim komputerze i po uruchomieniu klienta utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:
+WCSS udostępnia bramę Materials Studio na klastrze [[Bem]]. Dzięki temu można z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na węzłach obliczeniowych. Wymagana jest do tego odpowiednia konfiguracja: z menu w kliencie Materials Studio należy wybrać '''Tools''', następnie '''Server console'''. W oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:
-  adres: '''nova.wcss.wroc.pl'''
+  adres: '''bem.wcss.pl'''
   port: '''18888'''
   połączenie: HTTPS
-lub
+Zobacz też szczegółowe instrukcje:
+* [[Konfiguracja klienta Materials Studio | '''Jak sprawdzić prawidłową konfigurację klienta?''']]
+* [[Konfiguracja klienta Materials Studio - serwer licencji | '''Jak wskazać serwer licencji?''']]
- adres: '''leo.wcss.wroc.pl'''
+Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.
- port: '''18888'''
-Dla każdego z tak podłączonych serwerów można obejrzeć listę dostępnych modułów. Ze względu na specyficzną architekturę [[Leo]], jest na nim dostępnych o wiele mniej modułów niż na klastrze [[Nova]].
+Do korzystania z Gatewaya konieczne jest uzyskanie poświadczeń (nazwy użytkownika i hasła) - w tym celu należy skontaktować się z [[Kontakt|administratorami]] prosząc o założenie konta w Gatewayu.
-Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań na któryś z powyższych serwerów, trzeba uzyskać dostęp do danego Gatewey'a, czyli login i hasło (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].
+==== Status zadań ====
+Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę [[https://bem.wcss.pl:18888|WWW]].
-Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować przez stronę WWW Gateway'a: https://nova.wcss.wroc.pl:18888/
+==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
+Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
+* wejść na stronę WWW:  https://bem.wcss.pl:18888
+* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
+* podać w formularzu stare i nowe hasło.
 === Obliczenia wsadowe ===
-Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).
+Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów <code>sub-moduł</code> (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).
 ;Gotowe skrypty
-W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
+W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
- nova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
+Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
-Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.
-;Polecenia dostępne na klastrze Nova
+ > sub-castep-8.0
+ Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
+ Parameters:
+ -q queue (default - main)
+ -n nodes (default - 1)
+ -p cores (per node, default - 1)
+ -m memory (per node, in MB, default - 2000)
+ -w walltime (in hours, default - 504)
+ -i "additional parameters ..."
-  '''AmorphousCell''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh nazwa_pliku
+'''Uwaga'''
-  '''CASTEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
-  '''DFTB+''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
+Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
-  '''Discover''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
-  '''Dmol3''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
+;Polecenia dostępne na klastrze [[Bem]]
-  '''DPD''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
+  '''AmorphousCell''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh
- '''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh
+  '''CASTEP'''        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
- '''GULP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
+  '''DFTB+'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
-  '''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
+  '''DFTBpara'''      /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
-  '''MatServer''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MatServer/bin/RunMatServer.sh
+  '''Dmol3'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
- '''MesoDyn''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
+  '''GULP'''          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh
-  '''Mesotek''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
+  '''Kinetix'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh
- '''ONETEP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
+  '''MesoDyn'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
-  '''QMERA''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
+  '''ONETEP'''        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh
-  '''VAMP''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh
+  '''QMERA'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh
+  '''VAMP'''          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh
 ;Przykład
-Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu QMERA):
+Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):
-  nova> echo "cd /home/$USER/<katalog_z_plikami_zadania>; /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio55/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh <plik_wejsciowy>" | qsub -N <qmera_nazwa_zadania>
+  > /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input
 gdzie:
-* <code>plik_wejsciowy</code> to plik z danymi do obliczeń (bez rozszerzenia, domyślne rozszerzenie to .csin),
+* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
-* <code>/home/$USER/katalog_z_plikami_zadania</code> to katalog, w którym leży plik wejściowy i pozostałe pliki potrzebne do obliczeń,
+* <code>-q main</code> to nazwa kolejki (należy podawać main)
-* <code>qmera_nazwa_zadania</code> to nazwa zadania w systemie kolejkowym (można ustawić dowolną, ale prosimy o zawarcie w niej nazwy modułu, np. qmera, castep itp. do celów statystycznych).
 '''Zobacz też''': [[CASTEP]]
+=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
+Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Bem]] przez gateway bem.wcss.pl.
+Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].
 == Dokumentacja ==
 * Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
-* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]
+* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]
-{{accelrys}}
+{{biovia}}
 {{oprogramowanie}}