CPMD: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 3 wersji utworzonych przez 2 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CPMD</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CPMD</small>
−
{{aplikacja|nazwa=CPMD|logo=[[Plik:cpmd.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Supernova]]|wersja=3.13.2}}
+
{{aplikacja|nazwa=CPMD|logo=[[Plik:cpmd.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja='''3.15.3''', 4.1}}
 
'''CPMD''' (ang. ''Car-Parrinello Molecular Dynamics'') - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.
 
'''CPMD''' (ang. ''Car-Parrinello Molecular Dynamics'') - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.
  
Linia 17: Linia 17:
  
 
== CPMD w WCSS ==
 
== CPMD w WCSS ==
−
CPMD dostępny jest na [[Supernova|Supernovej]] w wersji sekwencyjnej i równoległej (3.13.2).
+
CPMD dostępny jest na klastrze [[Bem]] w wersjach 3.15.3 (domyślna) oraz 4.1.
  
 
;Zalecenia ogólne
 
;Zalecenia ogólne
 
* Prosimy o nie tworzenie dużych plików trajektorii ani restartów w katalogach domowych <code>/home</code>. Powoduje to blokowanie serwerów NFS a tym samym całych klastrów i wszystkich pozostałych zadań obliczeniowych. Duże pliki prosimy generować wyłącznie na dyskach '''<code>/scratch</code>'''.
 
* Prosimy o nie tworzenie dużych plików trajektorii ani restartów w katalogach domowych <code>/home</code>. Powoduje to blokowanie serwerów NFS a tym samym całych klastrów i wszystkich pozostałych zadań obliczeniowych. Duże pliki prosimy generować wyłącznie na dyskach '''<code>/scratch</code>'''.
−
* Prosimy o nie używanie polecenia '''<code>qdel</code>''' do kończenia zadania (CPMD niepoprawnie obsługuje sygnały). Zamiast tego, w katalogu zadania należy utworzyć pusty plik o nazwie '''EXIT''' i poczekać na automatyczne zakończenie się zadania:
+
* Prosimy nie używać polecenia '''<code>qdel</code>''' do kończenia zadania (CPMD niepoprawnie obsługuje sygnały). Zamiast tego, w katalogu zadania należy utworzyć pusty plik o nazwie '''EXIT''' i poczekać na automatyczne zakończenie się zadania:
 
  touch EXIT
 
  touch EXIT
 
* Wszystkie potencjały, także niestandardowe - dostępne na stronach domowych CPMD, zostały zainstalowane w katalogach '''/usr/local/CPMD-xxx/PPLIBNEW/'''. Jeśli zachodzi potrzeba użycia własnych potencjałów, to przed wykonaniem skryptu <code>sub-cpmd</code> (opisane poniżej), należy ustawić zmienną środowiskową:
 
* Wszystkie potencjały, także niestandardowe - dostępne na stronach domowych CPMD, zostały zainstalowane w katalogach '''/usr/local/CPMD-xxx/PPLIBNEW/'''. Jeśli zachodzi potrzeba użycia własnych potencjałów, to przed wykonaniem skryptu <code>sub-cpmd</code> (opisane poniżej), należy ustawić zmienną środowiskową:
Linia 27: Linia 27:
 
* Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.
 
* Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.
  
−
=== Nova ===
+
=== Bem ===
−
wersja: 3.13.2
+
wersja: 3.15.3
  
−
Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja równoległa (kompilacja z MKL, MVAPICH).
 
  
−
;Wstawianie zadań do kolejki
+
Wstawianie zadań CPMD do systemu kolejkowego [[PBS]] odbywa się przez wywołanie skryptu sub-cpmd (lokalizacja: <code>/usr/local/bin//usr/local/bin/sub-cpmd</code>).
  
−
Wstawianie zadań CPMD do poszczególnych kolejek systemu [[PBS]] odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: <code>/usr/local/bin</code>):
+
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
  
−
  sub-cpmd plik_wejsciowy.inp [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]
+
  >sub-cpmd
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-cpmd input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-s pseudopotentials_path (default /usr/local/cpmd/intel-15.0/3.15.3/PPLIBNEW)
 +
 +
Na przykład
  
−
gdzie:
+
> sub-cpmd test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 -s $HOME/potencjal
−
* <code>plik_wejsciowy.inp</code> - plik z danymi programu
+
 
−
* <code>pamiec_per_cpu_w_MB</code> - pamięć operacyjna per 1 cpu podana w MB (domyślnie 1800 MB).
+
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
−
* <code>kolejka</code> - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)
 
−
* <code>liczba_cpu</code> - liczba procesorów na których ma liczyć się zadanie (domyślnie 4).
 
  
−
Skrypt uruchamia najnowszą wersję programu. Wyniki obliczeń będą wygenerowane do pliku z rozszerzeniem <code>.out</code>.
 
  
 
; Uwagi
 
; Uwagi
−
Zadania wstawiane poleceniem sub-cpmd standardowo startują z dysku <code>/lustre/scratch/</code>, który jest współdzielony przez wszystkie węzły, w tym dostępowy.
+
*Skrypt uruchamia domyślną wersję programu. Wyniki obliczeń będą wygenerowane do pliku z rozszerzeniem <code>.out</code>.
−
 
+
*Zadania wstawiane poleceniem sub-cpmd standardowo startują z dysku <code>/lustre/scratch/</code>, który jest współdzielony przez wszystkie węzły, w tym dostępowy.
−
Plik wyników tworzony jest na dysku <code>/home/</code>. Tworzenie plików RESTART itp. na dysku <code>/home/</code> jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.
+
*Plik wyników tworzony jest na dysku <code>/home/</code>. Tworzenie plików RESTART itp. na dysku <code>/home/</code> jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.
  
 
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 
=== Informacje o wykorzystaniu ===

Aktualna wersja na dzień 14:56, 22 lut 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CPMD

CPMD
noframe
Serwer Wersja
Bem 3.15.3, 4.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

CPMD (ang. Car-Parrinello Molecular Dynamics) - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.

Informacje ogólne

CPMD dostępny jest na wiele architektur i jest dobrze zrównoleglony (przy użyciu MPI i Mixed MPI/SMP). Główne własności pakietu:

  • Praca z pseudopotencjałami norm-conserving oraz ultrasoft,
  • przybliżenia LDA, LSD i GGA, energia swobodna,
  • układy periodyczne i aperiodyczne, k-points,
  • symetria punktowa i przestrzenna,
  • optymalizacja funkcji falowej (bezpośrednia, diagonalizacja, ...),
  • dynamika molekularna zespołów mikrokanonicznego (NVE), kanonicznego (NVT) oraz izotermiczno-izobarycznego (NPT),
  • dynamika molekularna typu path intagral,
  • response functions,
  • stany wzbudzone,
  • własności elektronowe.

CPMD w WCSS

CPMD dostępny jest na klastrze Bem w wersjach 3.15.3 (domyślna) oraz 4.1.

Zalecenia ogólne
  • Prosimy o nie tworzenie dużych plików trajektorii ani restartów w katalogach domowych /home. Powoduje to blokowanie serwerów NFS a tym samym całych klastrów i wszystkich pozostałych zadań obliczeniowych. Duże pliki prosimy generować wyłącznie na dyskach /scratch.
  • Prosimy nie używać polecenia qdel do kończenia zadania (CPMD niepoprawnie obsługuje sygnały). Zamiast tego, w katalogu zadania należy utworzyć pusty plik o nazwie EXIT i poczekać na automatyczne zakończenie się zadania:
touch EXIT
  • Wszystkie potencjały, także niestandardowe - dostępne na stronach domowych CPMD, zostały zainstalowane w katalogach /usr/local/CPMD-xxx/PPLIBNEW/. Jeśli zachodzi potrzeba użycia własnych potencjałów, to przed wykonaniem skryptu sub-cpmd (opisane poniżej), należy ustawić zmienną środowiskową:
export PP_LIBRARY_PATH=/moj/katalog_z_PP/
  • Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.

Bem

wersja: 3.15.3


Wstawianie zadań CPMD do systemu kolejkowego PBS odbywa się przez wywołanie skryptu sub-cpmd (lokalizacja: /usr/local/bin//usr/local/bin/sub-cpmd).

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: 

>sub-cpmd
Usage: /usr/local/bin/sub-cpmd input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-s pseudopotentials_path (default /usr/local/cpmd/intel-15.0/3.15.3/PPLIBNEW)

Na przykład 

> sub-cpmd test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 -s $HOME/potencjal

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


Uwagi
  • Skrypt uruchamia domyślną wersję programu. Wyniki obliczeń będą wygenerowane do pliku z rozszerzeniem .out.
  • Zadania wstawiane poleceniem sub-cpmd standardowo startują z dysku /lustre/scratch/, który jest współdzielony przez wszystkie węzły, w tym dostępowy.
  • Plik wyników tworzony jest na dysku /home/. Tworzenie plików RESTART itp. na dysku /home/ jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

Dokumentacja CPMD dostępna jest na każdym z serwerów w katalogu instalacji.

CPMD w sieci

Bibliografia

  • Jorge Kohanoff: Electronic Structure Calculations for Solids and Molecules: Theory and Computational Methods. Cambridge University Press (May 31, 2006), s. 384. ISBN: 0521815916. (w języku angielskim)

Zobacz też:

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CPMD&oldid=5387”