Materials Studio: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
m
 
(Nie pokazano 15 wersji utworzonych przez 6 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Accelrys]] < Materials Studio</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[Biovia]] < Materials Studio</small>
−
{{uwaga2|Z dniem '''30 września 2014''' zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: '''licenses2.icm.edu.pl'''.}}
 
 
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
 
{{uwaga2|Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz [[korzystanie z VPN]]). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.}}
−
{{aplikacja|logo=[[Plik:Accelrys_logo.gif|133px]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Supernova]] (+ Gateway)|wersja=7.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=6.1 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
+
{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Materials Studio|serwer=[[Bem]] (+ Gateway)|wersja=8.0 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=8.0 | serwer3=Do pobrania |wersja31=7.0 SP1, SP2 |kontakt=}}
−
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Accelrys|Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).
+
'''Materials Studio''' - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy [[Biovia]] (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
−
WCSS uczestniczy w licencji krajowej koordynowanej przez ICM. W ramach tej licencji w 2014/2015 r. dostępne są wszystkie moduły pakietu Materials Studio (zobacz też [[Accelrys|Biovia]]).
+
Obecnie WCSS nie udostępnia licencji użytkownikom. Dopuszczalne jest zakupienie licencji przez użytkownika i udostępnianie jej na serwerze licencji WCSS (tylko uprawnionym osobom).
  
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===
 
=== Informacja o wykorzystaniu ===
−
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (Accelrys).  
+
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).  
  
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
 
{{Podziękowanie_WCSS}}
Linia 18: Linia 17:
 
Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.
 
Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.
  
−
{{note|Aby uzyskać dostęp do pakietów instalacyjnych oprogramowania i do serwera licencji należy uzyskać [[Jak zostać użytkownikiem KDM|grant/konto obliczeniowe]] w WCSS i zawnioskować o dostęp wysyłając e-mail pod adres kdm @ wcss.pl.}}
+
Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]].
  
−
=== Klient i obliczenia lokalne ===
+
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.
−
Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne tylko w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.
 
  
−
Aby pracować w MS w pełni lokalnie instaluje się klienta wraz z serwerem w wersji na system Windows. Można również, na swoim drugim komputerze w sieci lokalnej z systemem klasy Unix, zainstalować serwer w wersji na Unixa. Są to opcje korzystne, jeśli użytkownik potrzebuje na bieżąco śledzić w interfejsie graficznym przebieg obliczeń.
+
Klient Materials Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.
−
 
 
−
Klient MS pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia przez tzw. Gateway.
 
  
 
Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
 
Po zainstalowaniu oprogramowania należy:
Linia 32: Linia 28:
  
 
=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
 
=== Obliczenia zdalne przez Gateway ===
−
WCSS udostępnia serwer MS na klastrze [[Supernova]]. Na klastrze działa tzw. '''Gateway''', za pośrednictwem którego można zdalnie, z poziomu interfejsu klienta, zlecać obliczenia do wykonania na serwerze. Aby móc to robić należy: pobrać oprogramowanie (pliki instalacyjne udostępniane są na wniosek użytkownika), zainstalować pakiet na swoim komputerze (wystarczy instalacja klienta MS), uruchomić klienta, utworzyć nowy projekt i wybrać z menu '''Tools''' polecenie '''Server console'''. Następnie w oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:
+
WCSS udostępnia bramę Materials Studio na klastrze [[Bem]]. Dzięki temu można z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na węzłach obliczeniowych. Wymagana jest do tego odpowiednia konfiguracja: z menu w kliencie Materials Studio należy wybrać '''Tools''', następnie '''Server console'''. W oknie '''Server console''' należy dodać nowy '''Gateway''' o parametrach:
  
−
  adres: '''accelrys.wcss.pl'''
+
  adres: '''bem.wcss.pl'''
 
  port: '''18888'''
 
  port: '''18888'''
 
  połączenie: HTTPS
 
  połączenie: HTTPS
Linia 44: Linia 40:
 
Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.
 
Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.
  
−
Aby mieć możliwość zdalnego zlecania zadań przez Gateway, trzeba uzyskać '''login i hasło do Gateway'a''' (niezależny od loginu i hasła systemowego). Użytkowników zainteresowanych uzyskaniem dostępu prosimy o skontaktowanie się w tym celu z [[kontakt|administratorami]].
+
Do korzystania z Gatewaya konieczne jest uzyskanie poświadczeń (nazwy użytkownika i hasła) - w tym celu należy skontaktować się z [[Kontakt|administratorami]] prosząc o założenie konta w Gatewayu.
  
 
==== Status zadań ====
 
==== Status zadań ====
−
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS, do kolejki wybranej przed zleceniem obliczeń. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę WWW Gateway'a: https://accelrys.wcss.pl:18888/
+
Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę [[https://bem.wcss.pl:18888|WWW]].
  
 
==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
 
==== Zmiana hasła w Gateway'u ====
 
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
 
Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:
−
* wejść na stronę WWW Gateway'a:  https://accelrys.wcss.pl:18888/
+
* wejść na stronę WWW:  https://bem.wcss.pl:18888
 
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
 
* kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
 
* podać w formularzu stare i nowe hasło.
 
* podać w formularzu stare i nowe hasło.
Linia 60: Linia 56:
 
;Gotowe skrypty
 
;Gotowe skrypty
 
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
 
W ścieżce <code>/usr/local/bin</code> znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS:
−
  supernova> sub-DMol3 nazwa_zadania liczba_rdzeni [pamiec_w_MB_na_rdzen] [kolejka]
+
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
−
Skrypt zakłada, że w bieżącym katalogu znajduje się plik wejściowy z rozszerzeniem .input oraz wszystkie pozostałe potrzebne pliki wejściowe.
+
 
−
  supernova> sub-CASTEP [-n liczba_rdzeni] [-m pamiec_w_MB_na_rdzen] [-q kolejka] nazwa [nazwa 1] [nazwa 2]
+
  > sub-castep-8.0
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
 +
Parameters:
 +
  -q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
-i "additional parameters ..."
 +
 
 +
'''Uwaga'''
  
−
;Polecenia dostępne na klastrze Supernova
+
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
  
−
  '''CASTEP'''     /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
+
;Polecenia dostępne na klastrze [[Bem]]
−
  '''DFTB+'''     /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
+
  '''AmorphousCell''' /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh
−
  '''DFTBpara'''   /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
+
  '''CASTEP'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
−
  '''Discover'''   /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Discover/bin/RunDiscover.sh
+
  '''DFTB+'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
−
  '''Dmol3'''     /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
+
  '''DFTBpara'''     /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
−
'''DPD'''        /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/DPD/bin/RunDPD.sh
+
  '''Dmol3'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
−
'''Equilibria''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Equilibria/bin/RunEquilibria.sh  
+
  '''GULP'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh  
−
  '''GULP'''       /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh  
+
  '''Kinetix'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh  
−
  '''Kinetixas''' /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh  
+
  '''MesoDyn'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh  
−
  '''MesoDyn'''   /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh
+
  '''ONETEP'''       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh  
−
'''Mesotek'''    /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/Mesotek/bin/RunMesotek.sh
+
  '''QMERA'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh  
−
  '''ONETEP'''     /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh  
+
  '''VAMP'''         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh
−
  '''QMERA'''     /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh  
 
−
  '''VAMP'''       /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh
 
  
  
Linia 85: Linia 89:
 
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):
 
Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP):
  
−
  supernova> /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio7.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q short6h filename.input
+
  > /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input
  
 
gdzie:
 
gdzie:
 
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
 
* <code>filename.input</code> to plik z danymi do obliczeń,
−
* <code>-q short6h</code> to nazwa kolejki, do której zostanie wstawione zadanie.
+
* <code>-q main</code> to nazwa kolejki (należy podawać main)
  
 
'''Zobacz też''': [[CASTEP]]
 
'''Zobacz też''': [[CASTEP]]
  
 
=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
 
=== Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3 ===
−
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Supernova]] przez gateway accelrys.wcss.pl (domyślnie skonfigurowany).
+
Na infrastrukturze PLATON-U3 ([[klaster kampusowy]]) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster [[Bem]] przez gateway bem.wcss.pl.
  
 
Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].
 
Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/index.php?page=faq infrastruktury PLATON U3].
Linia 100: Linia 104:
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
 
* Tutoriale dostępne są z poziomu aplikacji klienta.
−
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Accelrys]
+
* [http://accelrys.com/products/materials-studio/ Strona pakietu w serwisie Biovia]
  
  
−
{{accelrys}}
+
{{biovia}}
  
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}

Aktualna wersja na dzień 12:23, 15 paź 2021

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia < Materials Studio

! Przed uruchomieniem aplikacji należy aktywować połączenie VPN z serwerem w WCSS (zobacz korzystanie z VPN). Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.
Materials Studio
Biovia-logo.png
Serwer Wersja
Bem (+ Gateway) 8.0
Klaster kampusowy 8.0
Do pobrania 7.0 SP1, SP2
Kontakt
kdm@wcss.pl

Materials Studio - oprogramowanie chemiczne do modelowania molekularnego firmy Biovia (dawniej Accelrys). Materials Studio to pełne środowisko do projektowania materiałów, pracujące w architekturze klient serwer. Użytkownik tworzy zadanie obliczeniowe na komputerze klienckim (swoim pececie pracującym pod Windows) i uruchamia obliczenia na komputerze z zainstalowanym serwerem MS (może to być ten sam komputer lub zdalny serwer z uruchomionym Gateway'em).

Licencja

Obecnie WCSS nie udostępnia licencji użytkownikom. Dopuszczalne jest zakupienie licencji przez użytkownika i udostępnianie jej na serwerze licencji WCSS (tylko uprawnionym osobom).

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w publikacjach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys).

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Uruchamianie aplikacji

Użytkownik może korzystać z MS zainstalowanego na serwerach WCSS lub zainstalować ten pakiet na swoim komputerze.

Pakiet składa się z dwóch części: klienta i serwera. Klient jest dostępny na systemy Microsoft Windows, serwer na systemy Microsoft Windows i Unix.

Pliki instalacyjne aplikacji można pobrać z serwera FTP.

Środowisko graficzne Materials Studio służące do wizualizacji i projektowania jest dostępne w postaci klienta na system Microsoft Windows. Klient ma możliwość współpracy z serwerem zainstalowanym lokalnie lub na innym komputerze w sieci.

Klient Materials Studio pozwala także na zapisanie plików wejściowych z danymi modelu tak, że po przekopiowaniu ich na serwer można niezależnie zlecić na nim obliczenia. Pozwala również skonfigurować połączenie ze zdalnym serwerem obliczeniowym i bezpośrednio z poziomu klienta zlecać na niego obliczenia.

Po zainstalowaniu oprogramowania należy:

  • skonfigurować w kliencie serwer licencji krajowej,
  • skonfigurować w systemie połączenie VPN, żeby móc ze swojej stacji łączyć się z serwerem licencji. Połączenie VPN należy uruchamiać przed rozpoczęciem pracy z aplikacją. Połączenie VPN powinno pozostać aktywne przez cały czas korzystania z klienta.

Obliczenia zdalne przez Gateway

WCSS udostępnia bramę Materials Studio na klastrze Bem. Dzięki temu można z poziomu interfejsu klienta zlecać obliczenia do wykonania na węzłach obliczeniowych. Wymagana jest do tego odpowiednia konfiguracja: z menu w kliencie Materials Studio należy wybrać Tools, następnie Server console. W oknie Server console należy dodać nowy Gateway o parametrach: 

adres: bem.wcss.pl
port: 18888
połączenie: HTTPS

Zobacz też szczegółowe instrukcje:

Dla tak podłączonego serwera można obejrzeć listę dostępnych modułów.

Do korzystania z Gatewaya konieczne jest uzyskanie poświadczeń (nazwy użytkownika i hasła) - w tym celu należy skontaktować się z administratorami prosząc o założenie konta w Gatewayu.

Status zadań

Zadania zlecane przez Gateway trafiają do systemu kolejkowego PBS. Status zadań i ich historię można obserwować z poziomu klienta lub przez stronę [[1]].

Zmiana hasła w Gateway'u

Użytkownik może samodzielnie zmienić swoje hasło do Gateway'a. Należy w tym celu:

  • wejść na stronę WWW: https://bem.wcss.pl:18888
  • kliknąć w lewym menu pozycję "Password" i zalogować się dotychczasowym loginem i hasłem,
  • podać w formularzu stare i nowe hasło.

Obliczenia wsadowe

Obliczenia można zlecać także w trybie wsadowym. Po zapisaniu z poziomu interfejsu klienta plików wejściowych, przekopiowaniu ich a serwer w WCSS, można zlecić obliczenia z wykorzystaniem gotowych skryptów sub-moduł (istnieją tylko dla niektórych modułów MS) lub poleceń dostępnych w katalogu instalacji (trzeba pamiętać o wstawieniu ich do jednej z kolejek PBS).

Gotowe skrypty

W ścieżce /usr/local/bin znajdują się gotowe skrypty wstawiające do kolejek PBS obliczenia niektórych modułów MS: Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: 

> sub-castep-8.0
Usage: /usr/local/bin/sub-castep-8.0 [parameters] name1 [name2] [name3] [...]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-i "additional parameters ..."

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Polecenia dostępne na klastrze Bem
AmorphousCell /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/AmorphousCell/bin/RunAmorphousCell.sh
CASTEP        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh
DFTB+         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
DFTBpara      /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DFTBpara/bin/RunDFTBpara.sh
Dmol3         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh
GULP          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/GULP/bin/RunGULP.sh 
Kinetix       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/Kinetix/bin/RunKinetix.sh 
MesoDyn       /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/MesoDyn/bin/RunMesoDyn.sh 
ONETEP        /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/ONETEP/bin/RunONETEP.sh 
QMERA         /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/QMERA/bin/RunQMERA.sh 
VAMP          /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh


Przykład

Obliczenia można uruchomić poleceniem (przykład dla modułu VAMP): 

> /home/biovia/MaterialsStudio8.0/etc/VAMP/bin/RunVAMP.sh -q main filename.input

gdzie:

  • filename.input to plik z danymi do obliczeń,
  • -q main to nazwa kolejki (należy podawać main)

Zobacz też: CASTEP

Obliczenia na infrastrukturze PLATON-U3

Na infrastrukturze PLATON-U3 (klaster kampusowy) dostępna jest pełna instalacja Materials Studio (klient i lokalny gateway). W celu skorzystania z aplikacji należy zarejestrować się jako użytkownik Platon-U3 w WCSS na stronie usługi (https://wcss.cloud.pionier.net.pl) i następnie założyć rezerwację na maszynę wirtualną z Materials Studio. Po uzyskaniu dostępu do maszyny wirtualnej i uruchomieniu aplikacji można zlecać obliczenia na maszynę wirtualną przez lokalny gateway lub na klaster Bem przez gateway bem.wcss.pl.

Sposób rezerwacji i korzystania z aplikacji na klastrze kampusowym jest opisany na stronie infrastruktury PLATON U3.

Dokumentacja


Oprogramowanie
naukowe 		Biovia Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]
Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Materials_Studio&oldid=6225”