Biovia

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia

!	Z dniem 30 września 2014 zmienił się serwer licencji krajowej. Nowy serwer dostępny jest pod adresem: licenses2.icm.edu.pl.

Biovia
Serwery
Supernova Klaster kampusowy Do samodzielnej instalacji
Pakiety
Materials Studio Discovery Studio
Kontakt
kdm@wcss.pl

Biovia (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

Niektóre z dostępnych pakietów: Materials Studio (np. CASTEP), Discovery Studio (np. Charmm).

Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: Insight II, Cerius2, Catalyst po wycofaniu z użytku komputera Tezro nie są już dostępne w WCSS. Quanta została wycofana ze sprzedaży.

Licencja krajowa

Zasady korzystania

Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM. Na okres 2014.10.01-2015.09.29 wykupionych jest 65 żetonów (dla MS i DS). Dalsze informacje o licencji na rok akademicki 2014/2015 są dostępne na stronie:

• http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1415

Użytkownicy WCSS mogą w danym momencie wykorzystywać łącznie 24 żetony, dlatego przed rozpoczęciem dużych obliczeń (powyżej 10 żetonów) proszę się skontaktować z administratorami WCSS. Opłata ponoszona przez WCSS zależy od liczby i czasu wykorzystania żetonów oraz wykorzystania licencji CASTEP i DMol3. WCSS zapewnia swoim użytkownikom dostęp do własnej puli żetonów (24 sztuki do podziału między wszystkich użytkowników WCSS). Jeżeli zespół zamierza intensywnie wykorzystywać produkty Biovia, to powinien zapewnić sobie finansowanie niezbędnej liczby licencji.

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta).

Zajęcia dydaktyczne

Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do zajęć dydaktycznych - pozwala na uruchomienie 15 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć.

Obowiązkowa ankieta

Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys.

Serwer licencji

Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji:

• serwer: licenses2.icm.edu.pl
• port: 1715

Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji.

Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia:

export LM_LICENSE_FILE=1715@licenses2.icm.edu.pl
module load lmutil/11.10.1
lmutil lmstat -a | less

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

WCSS udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze Supernova (Materials Studio), klastrze kampusowym (Materials Studio, Discovery Studio) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z administratorami.

Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:

1. Połączenie między komputerem użytkownika a serwerem VPN w WCSS jest nawiązane (zobacz instrukcję jak korzystać z VPN);
2. Połączenie sieciowe między serwerem VPN w WCSS a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne;
3. Dostępna jest dostateczna liczba licencji do uruchomienia pakietu/modułu.

Więcej na stronach pakietów:

• Materials Studio
• Discovery Studio

Dokumentacja

• Webinaria - http://accelrys.com/events/webinars/ - strona z Webinariami (~ 45 min - 1 h), pogrupowanymi tematycznie, można dotrzeć do przeprowadzonych już seminariów, po wybraniu konkretnego kursu i wypełnieniu formularza rejestracyjnego (nie ma ograniczeń dostępu) otrzymuje się na podany adres email link do pobrania wideo z nagraniem prezentacji, wraz z komentarzem (np. DS 3.1).
• Trainings - http://accelrys.com/services/training/index.html - strona z planowanymi kursami, które mogą odbyć się on-line (ok. 1-3 h) lub w miejscu (~ 1 dzień).
  • Discovery Studio - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html
  • Materials Studio - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html
• Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu producenta i zalogowania się na to konto.

• Strona główna firmy Accelrys
• Biuletyn Accelrys eFlash
• Strona Accelrysa w ICM
• Informacje o licencji krajowej
• Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie naukowe	Biovia	Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ]