APBS: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
| − | {{ | + | {{aplikacja|nazwa=APBS|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja=1.3}} |
''' APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)''' - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych. | ''' APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)''' - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych. | ||
| − | Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w | + | Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH. |
| − | |||
| − | |||
| + | Obszary zastosowań: | ||
* symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko, | * symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko, | ||
* symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika, | * symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika, | ||
* kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji, | * kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji, | ||
* miareczkowanie białek. | * miareczkowanie białek. | ||
| + | |||
| + | == Uruchamianie aplikacji == | ||
| + | Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowego PBS, służy do tego polecenie: | ||
| + | |||
| + | /usr/local/bin/sub-apbs plik-wejsciowy [liczba-procesorow] [pamiec] [kolejka] | ||
| + | Gdzie: | ||
| + | * <code>plik-wejsciowy</code> - plik z danymi programu | ||
| + | * <code>liczba-procesorow</code> - łączna liczba rdzeni na których mają być prowadzone obliczenia, parametr opcjonalny, wartość domyślna: 4 rdzenie | ||
| + | * <code>pamiec </code>- zapotrzebowanie na pamięć operacyjną per rdzeń, w MB, wartość domyślna: 1800 MB. | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
* [http://www.poissonboltzmann.org/apbs/ Strona domowa pakietu] | * [http://www.poissonboltzmann.org/apbs/ Strona domowa pakietu] | ||
| + | |||
| + | {{Oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Wersja z 09:37, 18 lip 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| APBS | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Nova | 1.3 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych.
Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.
Obszary zastosowań:
- symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko,
- symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika,
- kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji,
- miareczkowanie białek.
Uruchamianie aplikacji
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowego PBS, służy do tego polecenie:
/usr/local/bin/sub-apbs plik-wejsciowy [liczba-procesorow] [pamiec] [kolejka]
Gdzie:
plik-wejsciowy- plik z danymi programuliczba-procesorow- łączna liczba rdzeni na których mają być prowadzone obliczenia, parametr opcjonalny, wartość domyślna: 4 rdzeniepamiec- zapotrzebowanie na pamięć operacyjną per rdzeń, w MB, wartość domyślna: 1800 MB.
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|