AutoDock Vina

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

AutoDock Vina
Serwer	Wersja
Nova	1.1.2
Kontakt
kdm@wcss.pl

AutoDock Vina - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (scoring function) oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).

Średni czas obliczeń w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).

Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.

Przepływ danych

Na każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.

• Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
  • przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
  • przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacyjnych)

• Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina w WCSS.
  • AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem sub-autodock_vina

• Interpretacja wyników w PyMOL.

Korzystanie w WCSS

Uruchamiamy skryptem "sub-autodock_vina", ograniczeni na jeden węzeł (12 CPU), skrypt domyślnie rezerwuje 1800mb per jeden rdzeń.

sub-autodock_vina 
Sposob uzycia: [plik_konfiguracyjny] [liczba_rdzeni] [kolejka]

Licencja

Program udostępniony jest na licencji Apache, z kilkoma zastrzeżeniami co do użytku komercyjnego, niekomercyjnego i prac wywiedzionych (tekst licencji)

W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"

Linki zewnętrzne

• Strona domowa programu Autodock Vina