Biovia: Różnice pomiędzy wersjami
(Nie pokazano 56 wersji utworzonych przez 3 użytkowników) | |||
Linia 1: | Linia 1: | ||
− | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Biovia</small>{{aplikacja|logo=[[Plik:Biovia-logo.png]] |nazwa=Biovia|serwery=[[Bem]]<br />[[Klaster kampusowy]]<br/> Do samodzielnej instalacji|składowe=Pakiety| lista=[[Materials Studio]]<br/>[[Discovery Studio]] |kontakt=}} |
− | {{aplikacja| | + | '''Biovia''' (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows. |
− | ''' | ||
− | + | Niektóre z dostępnych pakietów: [[Materials Studio]] (np. [[CASTEP]]), [[Discovery Studio]] (np. [[Charmm]]). | |
− | Niektóre z dostępnych pakietów: | + | |
− | + | Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: [[Insight II]], [[Cerius2]], [[Catalyst]] po wycofaniu z użytku komputera [[Tezro]] nie są już dostępne w WCSS. [[Quanta]] została wycofana ze sprzedaży. | |
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
== Licencja krajowa == | == Licencja krajowa == | ||
+ | Obecnie (październik 2017 r.) nie funkcjonuje licencja krajowa. Zainteresowani mogą kupić licencję od producenta lub czekać na zakup licencji WCSS. | ||
+ | |||
=== Zasady korzystania === | === Zasady korzystania === | ||
− | Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki | + | Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2015/2016 są dostępne na stronie: |
− | *http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys: | + | *http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1516 |
+ | |||
+ | WCSS płaci za wykorzystanie licencji, dlatego prosimy o oszczędne korzystanie z niej. Jeżeli zespół zamierza intensywnie wykorzystywać produkty Biovia, to prosimy o ewentualne uwzględnienie kosztu odpowiedniej części tej licencji w planowanym projekcie. | ||
+ | |||
+ | Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS '''zespoły badawcze''' (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta) wyłącznie w celach naukowych. | ||
− | + | === Zajęcia dydaktyczne === | |
+ | Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do '''zajęć dydaktycznych''' - pozwala na uruchomienie 15 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć. | ||
=== Obowiązkowa ankieta === | === Obowiązkowa ankieta === | ||
− | Osoby, które korzystają z oprogramowania | + | Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: '''[http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys]'''. (Ankieta jest aktualizowana) |
+ | |||
+ | === Serwer licencji === | ||
+ | Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji: | ||
+ | * serwer: '''twoj-serwer-licencji.pl''' | ||
+ | * port: '''1715''' | ||
+ | |||
+ | Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji. | ||
+ | |||
+ | Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia: | ||
+ | |||
+ | export LM_LICENSE_FILE=1715@twoj-serwer-licencji.pl | ||
+ | module load lmutil/11.10.1 | ||
+ | lmutil lmstat -a | less | ||
=== Informacja o wykorzystaniu === | === Informacja o wykorzystaniu === | ||
− | Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi: | + | Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi: |
:''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".'' | :''"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".'' | ||
− | Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie | + | Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały. |
− | + | {{Podziękowanie_WCSS}} | |
− | |||
− | + | == Korzystanie w WCSS == | |
− | + | [[WCSS]] udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze [[Bem]] ([[Materials Studio]]), [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym]] (Materials Studio, [[Discovery Studio]]) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z [[kontakt|administratorami]]. | |
+ | Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki: | ||
− | ; | + | # Połączenie między komputerem użytkownika a serwerem VPN w WCSS jest nawiązane (zobacz instrukcję [[Korzystanie z VPN|jak korzystać z VPN]]); |
+ | # Połączenie sieciowe między serwerem VPN w WCSS a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne; | ||
+ | # Dostępna jest dostateczna liczba licencji do uruchomienia pakietu/modułu. | ||
− | + | Więcej na stronach pakietów: | |
+ | * [[Materials Studio]] | ||
+ | * [[Discovery Studio]] | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
− | + | * '''Webinaria''' - http://accelrys.com/events/webinars/ - strona z Webinariami (~ 45 min - 1 h), pogrupowanymi tematycznie, można dotrzeć do przeprowadzonych już seminariów, po wybraniu konkretnego kursu i wypełnieniu formularza rejestracyjnego (nie ma ograniczeń dostępu) otrzymuje się na podany adres email link do pobrania wideo z nagraniem prezentacji, wraz z komentarzem (np. [http://accelrys.com/events/webinars/discovery-studio-31/ds31-overview-request.php DS 3.1]). | |
+ | * '''Trainings''' - http://accelrys.com/services/training/index.html - strona z planowanymi kursami, które mogą odbyć się on-line (ok. 1-3 h) lub w miejscu (~ 1 dzień). | ||
+ | ** '''Discovery Studio''' - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html | ||
+ | ** '''Materials Studio''' - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html | ||
+ | * '''Tutorials''' - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu producenta i zalogowania się na to konto. | ||
− | + | * [http://www.accelrys.com/ Strona główna Biovia] | |
− | * [http://www.accelrys.com/ Strona główna | + | * [http://www.accelrys.com/eflash/ Biuletyn Accelrys eFlash] |
− | * [http://www.accelrys.com/ | ||
− | |||
− | |||
− | |||
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys Strona Accelrysa w ICM] | * [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys Strona Accelrysa w ICM] | ||
− | * [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys: | + | * [http://www.icm.edu.pl/kdm/Accelrys:_NoweZasady1415 Informacje o licencji krajowej] |
− | |||
− | |||
* [http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys] | * [http://www.icm.edu.pl/kdm.static/accelrys/ankieta/rejestracja.php Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys] | ||
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] | '''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]] | ||
− | {{ | + | {{Biovia}} |
{{oprogramowanie}} | {{oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] |
Aktualna wersja na dzień 12:22, 15 paź 2021
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia
Biovia | |
---|---|
![]() | |
Serwery | |
Bem Klaster kampusowy Do samodzielnej instalacji | |
Pakiety | |
Materials Studio Discovery Studio | |
Kontakt | |
kdm@wcss.pl |
Biovia (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.
Niektóre z dostępnych pakietów: Materials Studio (np. CASTEP), Discovery Studio (np. Charmm).
Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: Insight II, Cerius2, Catalyst po wycofaniu z użytku komputera Tezro nie są już dostępne w WCSS. Quanta została wycofana ze sprzedaży.
Licencja krajowa
Obecnie (październik 2017 r.) nie funkcjonuje licencja krajowa. Zainteresowani mogą kupić licencję od producenta lub czekać na zakup licencji WCSS.
Zasady korzystania
Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2015/2016 są dostępne na stronie:
WCSS płaci za wykorzystanie licencji, dlatego prosimy o oszczędne korzystanie z niej. Jeżeli zespół zamierza intensywnie wykorzystywać produkty Biovia, to prosimy o ewentualne uwzględnienie kosztu odpowiedniej części tej licencji w planowanym projekcie.
Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta) wyłącznie w celach naukowych.
Zajęcia dydaktyczne
Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do zajęć dydaktycznych - pozwala na uruchomienie 15 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć.
Obowiązkowa ankieta
Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys. (Ankieta jest aktualizowana)
Serwer licencji
Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji:
- serwer: twoj-serwer-licencji.pl
- port: 1715
Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji.
Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia:
export LM_LICENSE_FILE=1715@twoj-serwer-licencji.pl module load lmutil/11.10.1 lmutil lmstat -a | less
Informacja o wykorzystaniu
Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:
- "To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".
Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
WCSS udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze Bem (Materials Studio), klastrze kampusowym (Materials Studio, Discovery Studio) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z administratorami.
Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:
- Połączenie między komputerem użytkownika a serwerem VPN w WCSS jest nawiązane (zobacz instrukcję jak korzystać z VPN);
- Połączenie sieciowe między serwerem VPN w WCSS a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne;
- Dostępna jest dostateczna liczba licencji do uruchomienia pakietu/modułu.
Więcej na stronach pakietów:
Dokumentacja
- Webinaria - http://accelrys.com/events/webinars/ - strona z Webinariami (~ 45 min - 1 h), pogrupowanymi tematycznie, można dotrzeć do przeprowadzonych już seminariów, po wybraniu konkretnego kursu i wypełnieniu formularza rejestracyjnego (nie ma ograniczeń dostępu) otrzymuje się na podany adres email link do pobrania wideo z nagraniem prezentacji, wraz z komentarzem (np. DS 3.1).
- Trainings - http://accelrys.com/services/training/index.html - strona z planowanymi kursami, które mogą odbyć się on-line (ok. 1-3 h) lub w miejscu (~ 1 dzień).
- Discovery Studio - http://accelrys.com/services/training/life-science/index.html
- Materials Studio - http://accelrys.com/services/training/materials-science/index.html
- Tutorials - tutoriale dostępne on-line do każdego z modułów DS, z praktycznymi przykładami. Wymagają wcześniejszego założenia konta w portalu producenta i zalogowania się na to konto.
- Strona główna Biovia
- Biuletyn Accelrys eFlash
- Strona Accelrysa w ICM
- Informacje o licencji krajowej
- Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
---|
Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
---|