Supernova: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| Linia 60: | Linia 60: | ||
===Oprogramowanie=== | ===Oprogramowanie=== | ||
;Aplikacje | ;Aplikacje | ||
| − | [[Abaqus]], [[ACES2]], [[Autodock]], [[CAMFR]], [[CPMD]], [[FDS-SMV]] ,[[GAMESS]], [[Gaussian]], [[LAMMPS]], [[Meep]], [[MOLCAS]], [[Molpro]], [[ | + | <!--[[Abaqus]], [[ACES2]],-->[[ABINIT]], [[ANSYS Fluent]], [[Amber]], [[APBS]], [[Autodock]], [[CAMFR]], [[Cfour]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[Hmmer]], [[LAMMPS]], [[Materials Studio]], [[Matlab]], [[Meep]], [[MOLCAS]], [[Molden]], [[Molpro]], [[MOPAC]], [[NAMD]], [[NWChem]], [[OpenFOAM]], [[R]], [[TURBOMOLE]], aplikacje własne użytkowników. |
;Kompilatory | ;Kompilatory | ||
[[GNU GCC]], [[Intel]], [[PGI]] | [[GNU GCC]], [[Intel]], [[PGI]] | ||
| − | ;Biblioteki | + | ;Biblioteki i narzędzia |
| − | |||
* [[MVAPICH2]], | * [[MVAPICH2]], | ||
| + | * [[MPIEXEC]] | ||
* [[MKL]] (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/), | * [[MKL]] (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/), | ||
| − | * | + | * GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/), |
| − | * ATLAS | + | * ATLAS (/usr/local/atlas/) |
| + | * HDF | ||
| + | * Python + SciPy + NumPy | ||
* ... | * ... | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
;System kolejkowania | ;System kolejkowania | ||
Wersja z 14:36, 30 maj 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe
| ! | Klaster Nova jest w trakcie rozbudowy, niektóre z poniższych informacji zostaną zaktualizowane po zakończeniu prac. |
| {{{nazwa}}} |
|---|
| [[Plik:|250px|noframe|center]] |
| Kontakt |
| nova @ kdm.wcss.wroc.pl |
Nova - klaster zainstalowany w WCSS, włączony w infrastruktury obliczeniowe EGI i PL-Grid. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).
Elementy klastra:
- węzeł dostępowy (nova),
- dwa węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE),
- 732 węzły obliczeniowe (wn001 - wn732),
- sieć obliczeniowa - Infiniband DDR fat-tree full-cbb,
- sieć zarządzania - gigabit ethernet.
Zasoby obliczeniowe klastra:
- 6864 rdzeni obliczeniowych,
- >13 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń)
- ~100 TB przestrzeni dyskowej (NFS + Lustre),
- komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20Gbps, opóźnienia < 5 us.
Zestawienie
| klaster : | nova.wcss.wroc.pl | ||||
| przestrzeń home : | NFS 10TB | ||||
| przestrzeń scratch : | Lustre | ||||
| system operacyjny : | ScientificLinux | ||||
| moc obliczeniowa : | 19 TFLOPS | 40 TFLOPS | |||
| węzły : | dostępowy | obliczeniowe generacji I (152) | obliczeniowe generacji II (136) | obliczeniowe generacji III (40) | obliczeniowe generacji IV (404) |
| CPU : | Intel Xeon 5160 3GHz | Intel Xeon X3220 2.4 GHz | Intel Xeon E5345 2.33 GHz | Intel Xeon L5420 2.5 GHz | Intel Xeon X5650 2.67 GHz |
| liczba CPU : | 2x dual-core | 1 quad-core | 2x quad-core | 2x quad-core | 2x six-core |
| cache L2 : | 4MB | 8MB | 8MB | 12MB | 12MB |
| pamięć : | 16GB | 8GB | 16GB | 16GB | 24GB |
Oprogramowanie
- Aplikacje
ABINIT, ANSYS Fluent, Amber, APBS, Autodock, CAMFR, Cfour, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, Hmmer, LAMMPS, Materials Studio, Matlab, Meep, MOLCAS, Molden, Molpro, MOPAC, NAMD, NWChem, OpenFOAM, R, TURBOMOLE, aplikacje własne użytkowników.
- Kompilatory
- Biblioteki i narzędzia
- MVAPICH2,
- MPIEXEC
- MKL (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),
- GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/),
- ATLAS (/usr/local/atlas/)
- HDF
- Python + SciPy + NumPy
- ...
- System kolejkowania
RSA key fingerprint
d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9
Zalecenia
- na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 25GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:
quota
opis systemu kwot:
man quota
- zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka MKL; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;
- oprogramowanie zrównoleglone w standardze MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci Infiniband; domyślna implementacja MPI to MVAPICH1;
- zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie Infiniband bądą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;
- zadania MPI należy uruchamiac poprzez narzędzie MPIEXEC a nie mpirun;
- oprogramowanie zrównoleglone w innym standardze niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkownikow takich aplikacji;
- zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - Lustre
Zobacz też
- Jak korzystać z kolejek?
- Maszyny obliczeniowe
- Przekierowanie wyświetlania
- Programy badawcze
- Galeria zdjęć (Nova)
- Galeria zdjęć z uruchomienia
| Maszyny obliczeniowe | Bem ⋅ Klaster kampusowy |
|---|