Supernova: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 08:15, 10 sty 2013

< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe < Supernova

Supernova

Kontakt
nova @ kdm.wcss.wroc.pl

Supernova - klaster zainstalowany w WCSS, włączony w infrastruktury obliczeniowe EGI i PL-Grid. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).

Elementy klastra:

węzeł dostępowy (supernova.wcss.pl, sn.wcss.pl),
węzeł do archiwizacji (archiwum.wcss.pl)
węzeł serwisowy
dwa węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE),
573 węzłów obliczeniowych (wn163 - wn732, tesla1-3),
sieć obliczeniowa - Infiniband DDR fat-tree full-cbb(pomiędzy węzłami generacji I, II i III), Infiniband QDR(pomiędzy węzłami IV i Lustre)
sieć zarządzania - gigabit ethernet.

Zasoby obliczeniowe klastra:

6368 rdzeni obliczeniowych,
>13,5 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń, 4GB/rdzeń)
~525 TB przestrzeni dyskowej (40 TB NFS + 485 TB Lustre),
komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20Gbps, opóźnienia < 5 us.

Zestawienie

klaster :	supernova.wcss.wroc.pl
przestrzeń home :	NFS 10TB
przestrzeń scratch :	Lustre
system operacyjny :	ScientificLinux
moc obliczeniowa :	67,54 TFLOPS
węzły :	obliczeniowe generacji II (126)	obliczeniowe generacji III (40)	obliczeniowe generacji IV (404)	GPU (3)
CPU :	Intel Xeon E5345 2.33 GHz (Core-based "Clovertown", 65 nm)	Intel Xeon L5420 2.5 GHz (Core-based "Harpertown", 45 nm)	Intel Xeon X5650 2.67 GHz (Nehalem-based Westmere-EP, 32 nm)	AMD Opteron 6274(6200 series, 32nm)
liczba CPU :	8(2x quad-core)	8(2x quad-core)	12(2x six-core)	64(4x sixteen-core)
cache L1/L2/L3 :	128KB/8MB/-	256KB/12MB/-	64KB/1536KB/12MB	48KB/1000KB/16MB
pamięć :	16GB	16GB	24GB	256GB
uwagi :	dyski lokalne + lustre	dyski lokalne + lustre	lustre	dyski lokalne + lustre + 2x Tesla M2075(448 rdzeni, 6GB pamięci)

Oprogramowanie

Aplikacje

Abaqus, ABINIT, Accelrys, Amber, ANSYS, ANSYS CFX, ANSYS Fluent, APBS, AutoDock, AutoDock Vina, Cfour, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, Hmmer, LAMMPS, Materials Studio, Mathematica, Matlab, Meep, MOLCAS, Molden, Molpro, MOPAC, NAMD, NWChem, OpenFOAM, Orca, R, Siesta, TURBOMOLE, Xaim, aplikacje własne użytkowników.

Kompilatory

GNU GCC, Intel, PGI

Biblioteki i narzędzia

MVAPICH2,
MPIEXEC
MKL (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),
GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/),
ATLAS (/usr/local/atlas/)
HDF
Python + SciPy + NumPy
...

System kolejkowania

PBSPro

RSA key fingerprint

d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9

Zalecenia

na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 35GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:

quota

opis systemu kwot:

man quota

zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka MKL; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;

oprogramowanie zrównoleglone w standardzie MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci Infiniband; domyślna implementacja MPI to MVAPICH2;

zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie Infiniband będą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;

zadania MPI należy uruchamiać poprzez narzędzie MPIEXEC a nie mpirun;

oprogramowanie zrównoleglone w innym standardzie niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkowników takich aplikacji;

zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - Lustre.

Zobacz też

Maszyny obliczeniowe	Bem ⋅ Klaster kampusowy

@@ Linia 66: / Linia 66: @@
 ===Oprogramowanie===
 ;Aplikacje
-[[Abaqus]], [[ABINIT]], [[Accelryss]], [[Amber]], [[ANSYS]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[APBS]], [[AutoDock]], [[AutoDock Vina]], [[Cfour]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[Hmmer]], [[LAMMPS]], [[Materials Studio]], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Meep]], [[MOLCAS]], [[Molden]], [[Molpro]], [[MOPAC]], [[NAMD]], [[NWChem]], [[OpenFOAM]], [[Orca]], [[R]], [[Siesta]], [[TURBOMOLE]], [[Xaim]], aplikacje własne użytkowników.
+[[Abaqus]], [[ABINIT]], [[Accelrys]], [[Amber]], [[ANSYS]], [[ANSYS CFX]], [[ANSYS Fluent]], [[APBS]], [[AutoDock]], [[AutoDock Vina]], [[Cfour]], [[CPMD]], [[CRYSTAL09]], [[Dalton]], [[FDS-SMV]], [[GAMESS]], [[Gaussian]], [[Gromacs]], [[Hmmer]], [[LAMMPS]], [[Materials Studio]], [[Mathematica]], [[Matlab]], [[Meep]], [[MOLCAS]], [[Molden]], [[Molpro]], [[MOPAC]], [[NAMD]], [[NWChem]], [[OpenFOAM]], [[Orca]], [[R]], [[Siesta]], [[TURBOMOLE]], [[Xaim]], aplikacje własne użytkowników.
 ;Kompilatory