Supernova: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 11:45, 18 kwi 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe < Supernova

Supernova

Kontakt
nova @ kdm.wcss.wroc.pl

Supernova - klaster zainstalowany w WCSS, włączony w infrastruktury obliczeniowe EGI i PL-Grid. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).

Elementy klastra:

węzeł dostępowy (supernova.wcss.pl),
węzeł do archiwizacji (archiwum.wcss.pl)
węzeł serwisowy
dwa węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE),
580 węzłów obliczeniowych (wn153 - wn732),
sieć obliczeniowa - Infiniband DDR fat-tree full-cbb,
sieć zarządzania - gigabit ethernet.

Zasoby obliczeniowe klastra:

6400 rdzeni obliczeniowych,
>12,5 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń)
~247 TB przestrzeni dyskowej (40 TB NFS + 207 TB Lustre),
komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20Gbps, opóźnienia < 5 us.

Zestawienie

klaster :	supernova.wcss.wroc.pl
przestrzeń home :	NFS 10TB
przestrzeń scratch :	Lustre
system operacyjny :	ScientificLinux
moc obliczeniowa :	67,54 TFLOPS
węzły :	dostępowy	obliczeniowe generacji II (136)	obliczeniowe generacji III (40)	obliczeniowe generacji IV (404)
CPU :	Intel Xeon 5160 3GHz	Intel Xeon E5345 2.33 GHz (Core-based "Clovertown", 65 nm)	Intel Xeon L5420 2.5 GHz (Core-based "Harpertown", 45 nm)	Intel Xeon X5650 2.67 GHz (Nehalem-based Westmere-EP, 32 nm)
liczba CPU :	2x dual-core	2x quad-core	2x quad-core	2x six-core
cache L2 :	4MB	8MB	12MB	12MB
pamięć :	16GB	16GB	16GB	24GB

Oprogramowanie

Aplikacje

Abaqus, ABINIT, Accelryss, Amber, ANSYS, ANSYS CFX, ANSYS Fluent, APBS, AutoDock, AutoDock Vina, Cfour, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, Hmmer, LAMMPS, Materials Studio, Mathematica, Matlab, Meep, MOLCAS, Molden, Molpro, MOPAC, NAMD, NWChem, OpenFOAM, Orca, R, Siesta, TURBOMOLE, Xaim, aplikacje własne użytkowników.

Kompilatory

GNU GCC, Intel, PGI

Biblioteki i narzędzia

MVAPICH2,
MPIEXEC
MKL (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),
GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/),
ATLAS (/usr/local/atlas/)
HDF
Python + SciPy + NumPy
...

System kolejkowania

PBSPro

RSA key fingerprint

d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9

Zalecenia

na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 35GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:

quota

opis systemu kwot:

man quota

zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka MKL; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;

oprogramowanie zrównoleglone w standardzie MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci Infiniband; domyślna implementacja MPI to MVAPICH2;

zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie Infiniband będą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;

zadania MPI należy uruchamiać poprzez narzędzie MPIEXEC a nie mpirun;

oprogramowanie zrównoleglone w innym standardzie niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkowników takich aplikacji;

zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - Lustre.

Zobacz też

Maszyny obliczeniowe	Bem ⋅ Klaster kampusowy

@@ Linia 36: / Linia 36: @@
 |align="right"|węzły :||'''dostępowy'''|| '''obliczeniowe generacji II (136)'''||'''obliczeniowe generacji III (40)''' ||'''obliczeniowe generacji IV (404)'''
 |-style="vertical-align: top;"
-|align="right"|CPU : ||Intel Xeon 5160 3GHz ||Intel Xeon E5345 2.33 GHz || Intel Xeon L5420 2.5 GHz ||Intel Xeon X5650 2.67 GHz
+|align="right"|CPU : ||Intel Xeon 5160 3GHz ||Intel Xeon E5345 2.33 GHz <br/>(Core-based "Clovertown", 65 nm)|| Intel Xeon L5420 2.5 GHz <br/>(Core-based "Harpertown", 45 nm)||Intel Xeon X5650 2.67 GHz <br/>(Nehalem-based Westmere-EP, 32 nm)
 |-style="vertical-align: top;"
 |align="right"|liczba&nbsp;CPU :